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- PDB-2glo: Solution structure of the Brinker DNA binding domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2glo
タイトルSolution structure of the Brinker DNA binding domain in complex with the omb enhancer
要素
  • 5'-D(*GP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3'
  • brinker CG9653-PA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior Malpighian tubule development / wing disc morphogenesis / cell competition in a multicellular organism / imaginal disc-derived wing morphogenesis / negative regulation of BMP signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / nucleic acid binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brinker DNA-binding domain / Brinker DNA-binding domain / : / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Brinker
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics; distance geometry
データ登録者Cordier, F. / Hartmann, B. / Rogowski, M. / Affolter, M. / Grzesiek, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: DNA recognition by the brinker repressor - an extreme case of coupling between binding and folding
著者: Cordier, F. / Hartmann, B. / Rogowski, M. / Affolter, M. / Grzesiek, S.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*CP*A)-3'
A: brinker CG9653-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3883
ポリマ－14,3883
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3' / DNA OPTOMOTOR BLIND (OMB) ENHANCER


分子量: 3687.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*CP*A)-3' / DNA OPTOMOTOR BLIND (OMB) ENHANCER


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 brinker CG9653-PA / BRINKER NUCLEAR REPRESSOR


分子量: 7061.949 Da / 分子数: 1 / Fragment: Brinker DNA binding domain (residues 43-101) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: brinker / プラスミド: pET-22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XTN4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1313D dq-HNHA
1423D dq-HAHB, 2D HNCG, 2D HN(CO)CG
1522D 13C-selected/12C,14N-selected NOESY
163DSSE, J-MODULATED-13C-HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D and 3D heteronuclear techniques and 12C/14N-filtered-NOESY experiments for DNA assignment and intermolecular NOE contacts

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM brkDBD U-15N, 1mM DNA omb12T5 NA; 10mM NaCl; 5mM potassium phosphate; 5mM TCEP; 0.02% NaN3; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM brkDBD U-13C/15N, 1mM DNA omb12T5 NA; 10mM NaCl; 5mM potassium phosphate; 5mM TCEP; 0.02% NaN3; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
30.35mM brkDBD U-13C/15N, 0.35mM DNA omb12 NA; 10mM NaCl; 20mM potassium phosphate; 2mM DTT; 0.02% NaN3; 25mg/ml Pf1-phages; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 10mM NaCl / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe2.2Delaglio解析
PIPP4.3.2Garrettデータ解析
HADDOCK1.2Bonvin精密化
精密化手法: torsion angle dynamics; distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 1279 NOE-derived distance constraints, 21 Ambiguous Interaction Restraints, 21 distance restraints from hydrogen bonds, 92 RDC restraints, 30 dihedral angle ...詳細: The structures are based on 1279 NOE-derived distance constraints, 21 Ambiguous Interaction Restraints, 21 distance restraints from hydrogen bonds, 92 RDC restraints, 30 dihedral angle restraints, 56 J-coupling constant restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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