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万見
- PDB-2gli: FIVE-FINGER GLI/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gli
タイトルFIVE-FINGER GLI/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*G)-3')
  • PROTEIN (FIVE-FINGER GLI)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord regression / regulation of hepatocyte proliferation / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / GLI-SUFU complex / ventral midline development / epidermal cell differentiation / pituitary gland development / prostate gland development / proximal/distal pattern formation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition ...notochord regression / regulation of hepatocyte proliferation / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / GLI-SUFU complex / ventral midline development / epidermal cell differentiation / pituitary gland development / prostate gland development / proximal/distal pattern formation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / cerebellar cortex morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / smoothened signaling pathway / digestive tract morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / ciliary base / spermatid development / axoneme / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Hedgehog 'off' state / ciliary tip / lung development / liver regeneration / positive regulation of DNA replication / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Hedgehog 'on' state / response to wounding / osteoblast differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell migration / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / : / C2H2 zinc finger / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / : / C2H2 zinc finger / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein GLI1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pavletich, N.P. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of a five-finger GLI-DNA complex: new perspectives on zinc fingers.
著者: Pavletich, N.P. / Pabo, C.O.
履歴
登録1993年11月9日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*A)-3')
A: PROTEIN (FIVE-FINGER GLI)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3738
ポリマ－31,0783
非ポリマー2955
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.000, 50.200, 45.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6452.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 6435.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (FIVE-FINGER GLI)


分子量: 18190.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLI ONCOGENE / 遺伝子 (発現宿主): GLI ONCOGENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08151
#4: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3MGCL211
4BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.5 mMprotein1drop
20.6 mMDNA1drop
360-100 mM1reservoirMgCl2
420-25 %PEG4001reservoir
550 mMBTP-HCl1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. all: 28039 / Num. obs: 10856
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 97.9 % / Num. measured all: 28039 / Rmerge(I) obs: 0.0672

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→7 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.228 9187
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 855 5 44 2174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 9187 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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