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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gki | ||||||
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タイトル | Heavy and light chain variable single domains of an anti-DNA binding antibody hydrolyze both double- and single-stranded DNAs without sequence specificity | ||||||
要素 | nuclease | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / anti-DNA antibody / catalytic antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y.R. / Kim, J.S. / Lee, S.H. / Lee, W.R. / Sohn, J.N. / Chung, Y.C. / Shim, H.K. / Lee, S.C. / Kwon, M.H. / Kim, Y.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Heavy and light chain variable single domains of an anti-DNA binding antibody hydrolyze both double- and single-stranded DNAs without sequence specificity. 著者: Kim, Y.R. / Kim, J.S. / Lee, S.H. / Lee, W.R. / Sohn, J.N. / Chung, Y.C. / Shim, H.K. / Lee, S.C. / Kwon, M.H. / Kim, Y.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gki.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gki.ent.gz | 82.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gki_validation.pdf.gz | 449.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gki_full_validation.pdf.gz | 466.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gki_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gki_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gki | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dzbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 31504.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pIg20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 8777863, GenBank: 8777865, UniProt: A0N274*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.814426 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.950058 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M Lithium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.88→100 Å / Num. all: 40011 / Num. obs: 40011 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | 解像度: 2.88→2.98 Å / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DZB 解像度: 2.88→49.58 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.88→49.58 Å
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