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- PDB-2gke: Crystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gke
タイトルCrystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor LL-AziDAP
要素Diaminopimelate epimerase
キーワードISOMERASE / enzyme-inhibitor complex / covalently bound inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / (2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID / Diaminopimelate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Pillai, B. / Cherney, M.M. / Diaper, C.M. / Sutherland, A. / Blanchard, J.S. / Vederas, J.C. / James, M.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural insights into stereochemical inversion by diaminopimelate epimerase: An antibacterial drug target.
著者: Pillai, B. / Cherney, M.M. / Diaper, C.M. / Sutherland, A. / Blanchard, J.S. / Vederas, J.C. / James, M.N.
履歴
登録2006年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7566
ポリマ－30,2791
非ポリマー4765
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.394, 104.020, 59.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate epimerase / DAP epimerase


分子量: 30279.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: dapF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44859, diaminopimelate epimerase
#2: 化合物 ChemComp-ZDP / (2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID / (2S,6S)-2-メチル-2,6-ジアミノヘプタン二酸


分子量: 204.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.8 M sodium acetate and 0.1 M HEPES (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月25日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 63225 / Num. obs: 63225 / % possible obs: 95.17 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16831 3204 5.1 %RANDOM
Rwork0.13753 ---
all0.13906 63225 --
obs0.13906 63225 95.17 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 10.417 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 32 394 2548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.9462992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71434629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.625273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39924.953107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.4515370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8191512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.3341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.32011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.51053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.51293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.89821770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7082566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26632208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4464944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7176784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.16324976
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.8543394
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.78634159
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 210 -
Rwork0.256 3917 -
obs--85.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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