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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gke | ||||||
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タイトル | Crystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor LL-AziDAP | ||||||
要素 | Diaminopimelate epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / enzyme-inhibitor complex / covalently bound inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Pillai, B. / Cherney, M.M. / Diaper, C.M. / Sutherland, A. / Blanchard, J.S. / Vederas, J.C. / James, M.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Structural insights into stereochemical inversion by diaminopimelate epimerase: An antibacterial drug target. 著者: Pillai, B. / Cherney, M.M. / Diaper, C.M. / Sutherland, A. / Blanchard, J.S. / Vederas, J.C. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gke.cif.gz | 130.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gke.ent.gz | 106.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gke_validation.pdf.gz | 451.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gke_full_validation.pdf.gz | 452.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gke_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gke_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gke | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30279.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: dapF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44859, diaminopimelate epimerase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZDP / ( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium acetate and 0.1 M HEPES (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月25日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 63225 / Num. obs: 63225 / % possible obs: 95.17 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 86.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.417 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
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