PDB-2gjl: Crystal Structure of 2-nitropropane dioxygenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gjl

タイトル

Crystal Structure of 2-nitropropane dioxygenase

要素

hypothetical protein PA1024

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-nitropropane dioxygenase / 2-nitropropane / FMN

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / nitronate monooxygenase activity / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Suh, S.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of 2-Nitropropane Dioxygenase Complexed with FMN and Substrate: identification of the catalytic base
著者: Ha, J.Y. / Min, J.Y. / Lee, S.K. / Kim, H.S. / Kim, J. / Kim, K.H. / Lee, H.H. / Kim, H.K. / Yoon, H.J. / Suh, S.W.

履歴

登録	2006年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gjl.cif.gz	81.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gjl.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gjl_validation.pdf.gz	747.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gjl_full_validation.pdf.gz	754.1 KB	表示
XML形式データ	2gjl_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	2gjl_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gjnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gjn-d 6e2a-d 5gvh-d 4lip-2 2lip-d 7cog-3 1ys2-d 1oil-1 7cof-d 3lip-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein PA1024

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: hypothetical protein PA1024

ヘテロ分子

A: hypothetical protein PA1024

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.546, 93.546, 80.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	hypothetical protein PA1024 / 2-nitropropane dioxygeanse 分子量: 34860.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PA01 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9I4V0, EC: 1.13.11.32
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES at pH 7.0, 5%(w/v) tacsimate at pH 7.0, 10%(w/v) PEG MME 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	1	0.97915, 0.97948, 0.95000
シンクロトロン	PAL/PLS	6B	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2003年12月2日	mirrors
BRUKER PROTEUM 300	2	CCD	2004年3月14日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling	MAD	M	x-ray	1
2	Double Crystal Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97948	1
3	0.95	1
4	1	1

Reflection

D res low: 50 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
1	9.6	143716	0.077	0.87	2.36	17169	100
2	9.3	142871	0.071	0.66	2.36	17199	100
3	7.2	113830	0.084	0.86	2.5	14451	99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
5.08	50	1820	99.7	1	0.041	1.936
4.03	5.08	1745	100	1	0.044	1.761
3.53	4.03	1717	100	1	0.053	1.326
3.2	3.53	1715	100	1	0.067	0.911
2.97	3.2	1708	100	1	0.096	0.667
2.8	2.97	1700	100	1	0.129	0.51
2.66	2.8	1683	100	1	0.172	0.446
2.54	2.66	1694	100	1	0.216	0.407
2.44	2.54	1692	100	1	0.271	0.39
2.36	2.44	1695	100	1	0.359	0.359
5.08	50	1824	99.7	2	0.036	1.509
4.03	5.08	1745	100	2	0.037	1.181
3.53	4.03	1716	100	2	0.045	0.894
3.2	3.53	1721	100	2	0.061	0.663
2.97	3.2	1710	100	2	0.09	0.52
2.8	2.97	1693	100	2	0.128	0.425
2.66	2.8	1693	100	2	0.173	0.385
2.54	2.66	1695	100	2	0.22	0.352
2.44	2.54	1708	100	2	0.289	0.391
2.36	2.44	1694	100	2	0.383	0.345
5.38	50	1543	99.7	3	0.045	4.495
4.27	5.38	1465	100	3	0.045	0.841
3.73	4.27	1456	100	3	0.05	0.695
3.39	3.73	1452	100	3	0.067	0.538
3.15	3.39	1453	100	3	0.097	0.433
2.96	3.15	1432	100	3	0.142	0.373
2.82	2.96	1421	100	3	0.203	0.334
2.69	2.82	1431	100	3	0.274	0.319
2.59	2.69	1408	99.2	3	0.334	0.319
2.5	2.59	1390	97.2	3	0.392	0.33

反射

解像度: 2→15 Å / Num. obs: 27790 / % possible obs: 99.5 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.041 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID
2-2.07	100	0.279	2753	0.614	1,2
2.07-2.15	100	0.226	2747	0.64	1,2
2.15-2.25	100	0.16	2769	0.662	1,2
2.25-2.37	100	0.137	2759	0.708	1,2
2.37-2.52	100	0.104	2784	0.744	1,2
2.52-2.71	100	0.089	2761	0.896	1,2
2.71-2.98	100	0.07	2784	1.056	1,2
2.98-3.41	100	0.053	2798	1.29	1,2
3.41-4.28	99.4	0.039	2826	1.747	1,2
4.28-15	96.2	0.042	2809	2.89	1,2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.68 / 反射: 14435

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9791	5.68	-5.95
1	3 wavelength	2	0.9749	3.17	-9.94
1	3 wavelength	3	0.95	3.88	-2.49

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	54.747	44.871	5.502	SE	33.8	1.04
2	7.531	62.636	1.874	SE	31.5	0.95
3	-18.453	44.183	13.553	SE	30.8	0.96
4	10.647	75.398	4.039	SE	35	1.04
5	4.969	66.124	1.478	SE	45.4	0.96
6	70.419	25.152	0.766	SE	44.6	1.04
7	-34.186	60.042	4.913	SE	44.3	0.97

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.52-20	0.93	777
5.54-8.52	0.91	1225
4.38-5.54	0.9	1532
3.74-4.38	0.85	1779
3.31-3.74	0.78	2014
3-3.31	0.63	2184
2.77-3	0.5	2372
2.58-2.77	0.36	2552

Phasing dm

FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.67 / 反射: 14409 / Reflection acentric: 12813 / Reflection centric: 1596

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-19.654	0.97	0.98	0.94	643	473	170
4.5-7.1	0.94	0.96	0.87	1953	1646	307
3.6-4.5	0.92	0.93	0.83	2423	2143	280
3.1-3.6	0.84	0.85	0.73	2424	2184	240
2.7-3.1	0.63	0.65	0.47	4299	3914	385
2.5-2.7	0.42	0.43	0.29	2667	2453	214

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→8 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	2658	9.7 %
R_work	0.191	-	-
obs	-	26759	97.4 %

溶媒の処理

B_sol: 108.07 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.859 Å²	-1.174 Å²	0 Å²
2-	-	-1.859 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.718 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	31	288	2738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.283	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.228	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.97	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.264	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	fmn_mod.par

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