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万見
- PDB-2gjb: Crosslinking of DNA duplexes: X-ray crystal structure of an unsub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gjb
タイトルCrosslinking of DNA duplexes: X-ray crystal structure of an unsubstituted bisacridine with the oligonucleotide d(CGTACG)
要素5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*GP*)-3'
キーワードDNA / DNA duplex / bis-intercalator
機能・相同性Chem-BMO / : / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gan, Y. / Cardin, C.J. / Denny, W.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crosslinking of DNA duplexes: X-ray crystal structure of an unsubstituted bisacridine with oligonucleotide d(CGTACG)
著者: Gan, Y. / Cardin, C.J. / Denny, W.A.
履歴
登録2006年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*GP*)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3343
ポリマ－1,8091
非ポリマー5252
水181
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*GP*)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*GP*)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6686
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,0494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)25.750, 25.750, 78.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-8-

BMO

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*GP*)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-BMO / N-ACRIDIN-9-YL-N'-[3-(ACRIDIN-9-YLAMINO)PROPYL]PROPANE-1,3-DIAMINE / 1,3-PROPANEDIAMINE / N-9-ACRIDINYL-N -[3-(9-ACRIDINYLAMINO)PROPYL] / N,N′-[イミノビス(1,3-プロパンジイル)]ビス(アクリジン-9-アミン)


分子量: 485.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The crystals grow in ten days from sitting drops containing 2mM DNA, 12mM spermine, 80mM strontium chloride, 20mM magnesium chloride, 10%MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1spermine11
2strontium chloride11
3magnesium chloride11
4MPD11
5H2O11
6strontium chloride12
7magnesium chloride12
8MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→22.3 Å / Num. obs: 1472 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 57.431 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 49.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 204 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY DD0018

解像度: 2.2→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.648 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30508 45 4.8 %RANDOM
Rwork0.27002 ---
all0.358 ---
obs0.27223 890 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å21.05 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----3.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 20 1 141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3912.996233
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3710.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3220.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.25
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4833173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2244.5233
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.253 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.583 4 -
Rwork0.367 58 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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