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万見
- PDB-2gj7: Crystal Structure of a gE-gI/Fc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gj7
タイトルCrystal Structure of a gE-gI/Fc complex
要素
  • Glycoprotein E
  • Ig gamma-1 chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRUS/VIRAL PROTEIN / Fc receptor / low resolution / IMMUNE SYSTEM-VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / host cell Golgi membrane ...host cell junction / Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / host cell Golgi membrane / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / viral envelope / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein E, Fc-binding domain / Envelope glycoprotein E, N-terminal / Alphaherpesvirus glycoprotein E / Alphaherpesvirus glycoprotein E N-terminal / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Envelope glycoprotein E, Fc-binding domain / Envelope glycoprotein E, N-terminal / Alphaherpesvirus glycoprotein E / Alphaherpesvirus glycoprotein E N-terminal / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Envelope glycoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換・異常分散 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 5 Å
データ登録者Sprague, E.R. / Wang, C. / Baker, D. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the HSV-1 Fc Receptor Bound to Fc Reveals a Mechanism for Antibody Bipolar Bridging.
著者: Sprague, E.R. / Wang, C. / Baker, D. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2006年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-1 chain C region
F: Glycoprotein E
B: Ig gamma-1 chain C region
E: Glycoprotein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,0596
ポリマ－137,2154
非ポリマー2,8452
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.726, 174.726, 315.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The asymmetric unit contains one biological complex (1 Fc dimer and 2 gE-gI heterodimers).

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要素

#1: タンパク質 Ig gamma-1 chain C region


分子量: 25611.021 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG1 heavy chain
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質 Glycoprotein E


分子量: 42996.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 株: KOS / 遺伝子: GE, US8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04488
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1422.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.9-1.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes or 0.1 M MES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
51001
1,2,3,4,51
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-110.9537
シンクロトロンSSRL BL9-221.1048
シンクロトロンSSRL BL9-231.0717
シンクロトロンSSRL BL9-241.006
シンクロトロンSSRL BL9-251.214
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2002年5月16日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2005年5月25日
MARMOSAIC 325 mm CCD3CCD2005年7月6日
MARMOSAIC 325 mm CCD4CCD2005年7月6日
MARMOSAIC 325 mm CCD5CCD2005年7月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
5Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21.10481
31.07171
41.0061
51.2141
反射解像度: 5→36 Å / Num. all: 21938 / Num. obs: 21931 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 5→5.27 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing setD res high: 5 Å / D res low: 45 Å
Phasing MIR解像度: 5→45 Å / FOM: 0.42 / 反射: 21767
Phasing MIR der
ID解像度 (Å)Der set-IDNative set-ID
15-4511
21
31
41
51
61
Phasing MIR der site

Biso : 60 Å

IDDer-IDAtom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
11Pt0.61940.82720.10242.3125
12Pt0.99250.6510.02471.4993
13Pt0.94480.71750.05221.6932
14Pt0.56430.8740.07421.2437
15Pt0.97950.49110.02320.7812
21Ir0.06910.57670.07230.8029
22Ir0.98130.5870.11130.7171
23Ir0.6530.92270.1060.4492
24Ir0.08970.53930.05660.1981
25Ir0.89980.63010.04320.4691
26Ir0.06760.82890.08030.2091
31Hg0.88560.73610.02020.616
32Hg0.60670.6260.04210.5542
41W0.01810.83950.0940.5051
42W0.00330.83510.06050.2912
43W0.83790.54540.00030.2924
44W0.10930.82330.09540.3601
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
17.3-450.581153
11.16-17.30.581866
8.8-11.160.592330
7.49-8.80.572695
6.63-7.490.563028
6.01-6.630.353315
5.54-6.010.233584
5.16-5.540.233796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
SOLVE2.09位相決定
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換・異常分散
解像度: 5→36 Å / Num. reflection obs: 21931
詳細: No refinement done. The molecular replacement model contains Fc and the C-terminal domain of the HSV-1 gE ectodomain. HSV-1 gI ectodomain and the N-terminal domain of the HSV-1 gE ectodomain ...詳細: No refinement done. The molecular replacement model contains Fc and the C-terminal domain of the HSV-1 gE ectodomain. HSV-1 gI ectodomain and the N-terminal domain of the HSV-1 gE ectodomain are contained in the crystal but not modeled in the structure.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5956 0 192 0 6148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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