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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gin | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the wt allene oxide cyclase 2 from arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | Allene oxide cyclase 2 | ||||||
![]() | ISOMERASE / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / stromule / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hofmann, E. / Schaller, F. / Zerbe, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Allene Oxide Cyclase: Insights into the Oxylipin Cyclization Reaction 著者: Hofmann, E. / Zerbe, P. / Schaller, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 226 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 16 - 188 / Label seq-ID: 16 - 188
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20959.811 Da / 分子数: 6 / 断片: Allene oxide cyclase 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AT3G25770 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% (w/v) PEG 8000, 6%(v/v) tert. Butanol, 100mM MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 107806 / Num. obs: 107806 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 32.115 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 11.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→2.1 Å / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. measured obs: 117839 / Num. unique all: 38302 / Num. unique obs: 33731 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 93.8 |
-位相決定
Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BRJ 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.551 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.769 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1364 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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