PDB-2gin: X-ray structure of the wt allene oxide cyclase 2 from arabidopsis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gin

タイトル

X-ray structure of the wt allene oxide cyclase 2 from arabidopsis thaliana

要素

Allene oxide cyclase 2

キーワード

ISOMERASE / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / stromule / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hofmann, E. / Schaller, F. / Zerbe, P.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Allene Oxide Cyclase: Insights into the Oxylipin Cyclization Reaction
著者: Hofmann, E. / Zerbe, P. / Schaller, F.

履歴

登録	2006年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gin.cif.gz	226 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gin.ent.gz	180.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gin_validation.pdf.gz	483.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gin_full_validation.pdf.gz	495.1 KB	表示
XML形式データ	2gin_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	2gin_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/2gin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/2gin	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2brjSC 2dioC 1z8k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zvc-1 2bgc-2 2dio-d 1m1z-2 5swb-1 4cq6-d 1dge-d 4ejh-7 5cvr-1 3t3s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Allene oxide cyclase 2

B: Allene oxide cyclase 2

C: Allene oxide cyclase 2

D: Allene oxide cyclase 2

E: Allene oxide cyclase 2

F: Allene oxide cyclase 2

ヘテロ分子

126 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Allene oxide cyclase 2

B: Allene oxide cyclase 2

C: Allene oxide cyclase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Allene oxide cyclase 2

E: Allene oxide cyclase 2

F: Allene oxide cyclase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.900, 104.200, 86.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 16 - 188 / Label seq-ID: 16 - 188

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Allene oxide cyclase 2 分子量: 20959.811 Da / 分子数: 6 / 断片: Allene oxide cyclase 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT3G25770 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9LS02, allene-oxide cyclase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% (w/v) PEG 8000, 6%(v/v) tert. Butanol, 100mM MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月28日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 107806 / Num. obs: 107806 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.115 Å² / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 11.27
反射シェル	解像度: 1.8→2.1 Å / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. measured obs: 117839 / Num. unique all: 38302 / Num. unique obs: 33731 / R_sym value: 0.22 / % possible all: 93.8

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.02 Å	45.53 Å
Translation	2.02 Å	45.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BRJ

2brj

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.551 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	5393	5 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.209	107806	-	-
obs	-	107806	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.769 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.83 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8130	0	32	660	8822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	8431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.993	11461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.036	5	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.329	24.833	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.119	15	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.994	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	5553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.21	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.943	1.5	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.543	2	8400
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.607	3	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.837	4.5	3061

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1364 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.59	0.5
5	E	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
6	F	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	1.2	2
2	B	MEDIUM THERMAL	1.78	2
3	C	MEDIUM THERMAL	1.64	2
4	D	MEDIUM THERMAL	1.88	2
5	E	MEDIUM THERMAL	1.35	2
6	F	MEDIUM THERMAL	1.48	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.512	349	0.434	6362	8049	83.377
1.847-1.897	0.475	365	0.42	7236	7871	96.57
1.897-1.952	0.416	339	0.33	7252	7605	99.816
1.952-2.012	0.327	424	0.283	7054	7483	99.933
2.012-2.078	0.271	351	0.231	6827	7192	99.805
2.078-2.151	0.274	358	0.219	6624	6993	99.843
2.151-2.232	0.277	345	0.23	6354	6707	99.881
2.232-2.323	0.321	309	0.258	6175	6485	99.985
2.323-2.427	0.231	309	0.213	5916	6226	99.984
2.427-2.545	0.247	286	0.208	5661	5948	99.983
2.545-2.683	0.269	274	0.211	5385	5663	99.929
2.683-2.845	0.252	287	0.2	5019	5308	99.962
2.845-3.041	0.227	251	0.197	4794	5045	100
3.041-3.285	0.212	228	0.177	4452	4680	100
3.285-3.598	0.201	222	0.174	4122	4344	100
3.598-4.021	0.208	181	0.166	3730	3911	100
4.021-4.642	0.179	174	0.137	3280	3454	100
4.642-5.681	0.174	155	0.156	2791	2946	100
5.681-8.017	0.23	124	0.189	2161	2285	100
8.017-50	0.216	62	0.202	1218	1291	99.148

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関連情報:EMDBヘッダ

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