PDB-2ghr: Crystal structure of homoserine o-succinyltransferase (NP_981826....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ghr

タイトル

Crystal structure of homoserine o-succinyltransferase (NP_981826.1) from Bacillus cereus ATCC 10987 at 2.40 A resolution

要素

Homoserine O-succinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / NP_981826.1 / HOMOSERINE O-SUCCINYLTRANSFERASE / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine O-succinyltransferase activity / L-methionine biosynthetic process from homoserine via O-succinyl-L-homoserine and cystathionine / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of homoserine O-succinyltransferase from Bacillus cereus at 2.4 A resolution
著者: Zubieta, C. / Krishna, S.S. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M. / ...

履歴

登録	2006年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ghr.cif.gz	69.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ghr_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ghr_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	2ghr_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	2ghr_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/2ghr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/2ghr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2vdj-1 4j9w-d 4e5s-1 4gyk-2 3lk6-4 6r77-d 1h0n-1 2y7a-1 6j7c-1 4h1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 360725

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Homoserine O-succinyltransferase

ヘテロ分子

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Homoserine O-succinyltransferase

ヘテロ分子

A: Homoserine O-succinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.890, 95.890, 75.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Homoserine O-succinyltransferase / Homoserine O- transsuccinylase / HTS 分子量: 35728.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: metA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72X44, homoserine O-succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8 詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M TRIS pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.918381, 0.979094,0.978532

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月14日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing

放射

モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.918381	1
2	0.979094	1
3	0.978532	1

反射

解像度: 2.4→29.64 Å / Num. obs: 14274 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
2.4-2.46	100	6.8	0.592	1.3	1038	0.592
2.46-2.53	100	6.8	0.532	1.4	1001	0.532
2.53-2.6	100	6.8	0.523	1.5	989	0.523
2.6-2.68	100	6.9	0.431	1.8	942	0.431
2.68-2.77	100	6.9	0.36	2.1	924	0.36
2.77-2.87	100	6.8	0.321	2.4	890	0.321
2.87-2.98	100	6.8	0.27	2.8	889	0.27
2.98-3.1	100	6.8	0.187	4.1	829	0.187
3.1-3.24	100	6.8	0.155	4.9	806	0.155
3.24-3.39	100	6.8	0.122	6.3	778	0.122
3.39-3.58	100	6.7	0.096	7.7	729	0.096
3.58-3.79	99.3	5.7	0.135	3.7	695	0.135
3.79-4.06	99.8	6.5	0.075	9.1	662	0.075
4.06-4.38	100	6.5	0.054	12.8	621	0.054
4.38-4.8	99.9	6.4	0.047	13.8	568	0.047
4.8-5.37	99.8	6.2	0.051	13	526	0.051
5.37-6.2	99	5.5	0.068	8.9	464	0.068
6.2-7.59	99.7	6.5	0.065	9.2	405	0.065
7.59-10.73	100	6.3	0.035	16.4	328	0.035
10.73-29.64	94.7	5.5	0.035	17.3	190	0.035

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 16.028 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.255
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE MAIN CHAIN AT PRO45 MAY NOT BE RELIABLE. 3. DUE TO WEAK DENSITY DUE TO A STRONG ICE RING, 263 REFLECTIONS BETWEEN 3.63-3.71 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	699	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.191	-	-	-
obs	0.19144	13291	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2210	0	5	78	2293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.742	1.945	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.513	3	4631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.377	5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.14	24.426	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.183	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.566	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.136	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.252	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.632	3	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.358	3	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.593	5	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.574	8	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.421	11	912

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	47	-
R_work	0.229	985	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	28.071	-10.1292	1.7884	9.8223	-5.0271	12.3047	-0.6366	-0.5527	0.5124	0.1546	0.1609	-0.8333	0.7473	1.2767	0.4757	0.3171	0.0101	0.0175	0.431	-0.0824	0.2373	48.663	25.021	77.756
2	2.4284	-0.6969	-0.7187	12.9902	-0.9741	0.3216	0.1582	-0.8649	-0.012	1.0715	-0.0059	-0.8659	-1.013	1.6445	-0.1524	0.0899	-0.1605	-0.1057	0.6033	-0.0517	0.0702	37.52	38.65	57.645
3	3.8145	2.9284	-4.9613	3.2634	-0.5093	17.1759	-0.1851	0.2549	0.9573	0.3499	0.1547	0.6561	-0.825	-1.6354	0.0304	0.2186	0.0933	-0.054	0.1641	0.0119	0.2526	13.193	38.303	51.029
4	2.28	1.8544	-0.1669	3.828	0.7865	7.4583	-0.0397	-0.1636	0.1017	0.011	0.1756	0.0731	-0.7372	-0.2484	-0.1359	0.2443	0.0128	-0.0168	0.085	-0.0406	0.2111	21.693	39.756	52.849
5	3.7287	1.8002	0.4659	2.1508	0.5161	2.9539	-0.19	0.2986	0.2735	-0.2808	0.1821	0.0267	-0.3691	0.115	0.0079	0.1684	0.0097	-0.0714	0.0853	0.0482	0.0384	17.545	32.302	39.337
6	2.6952	-0.1241	0.1731	1.4863	0.6488	3.3515	0.0177	0.0499	-0.4063	0.0449	0.0034	-0.0969	0.4499	0.1019	-0.0211	0.2011	0.0456	-0.0618	0.0868	0.0512	0.089	16.904	16.154	50.441
7	5.5384	-1.3405	0.3477	1.0178	0.7011	4.1737	-0.0308	-0.1765	0.1927	0.143	0.0484	-0.2098	0.4585	0.0927	-0.0176	0.1598	0.0265	-0.0343	0.0624	-0.0145	0.1701	16.797	26.435	51.499
8	23.3415	-4.4326	10.3675	1.9991	-5.3476	16.1805	0.0289	-0.4335	0.054	-0.0322	0.0055	-0.095	-0.4081	-1.1725	-0.0344	0.0732	0.0592	-0.0642	0.2463	-0.0452	-0.0003	-4.261	28.625	55.129
9	3.6374	-0.3393	0.4096	0.9298	0.2319	2.897	0.0415	-0.6905	-0.1856	0.2434	-0.0914	0.0479	0.1712	-0.2674	0.05	0.1651	0.0227	-0.0618	0.1357	0.0454	0.0153	11.45	23.678	61.258
10	23.5171	14.9041	10.9058	30.4796	-25.194	54.0625	-1.771	-1.1767	-1.7869	-0.6399	0.874	-2.0869	1.6202	3.4994	0.8969	-0.0119	0.1317	-0.0455	0.1634	-0.0656	0.3034	37.654	31.193	51.529

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	17 - 27	18 - 28
2	2	28 - 37	29 - 38
3	3	38 - 53	39 - 54
4	4	54 - 87	55 - 88
5	5	88 - 160	89 - 161
6	6	161 - 225	162 - 226
7	7	226 - 242	227 - 243
8	8	243 - 256	244 - 257
9	9	257 - 292	258 - 293
10	10	293 - 297	294 - 298

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)