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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ghf | ||||||
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タイトル | Solution structure of the complete zinc-finger region of human zinc-fingers and homeoboxes 1 (ZHX1) | ||||||
要素 | Zinc fingers and homeoboxes protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / METAL BINDING PROTEIN / C2H2 zinc fingers / 4-stranded parallel/anti-parallel beta-sheet / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Proteomics in Europe (構造ゲノミクス) / SPINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 ...細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Sparky ASSIGNMENT - CYANA structure calculations; run1: use 70% most intense peaks for initial fold, run2: refine initial fold using all peaks - water refinement with CNS | ||||||
データ登録者 | Wienk, H. / Structural Proteomics in Europe (SPINE) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the zinc-finger region of human zinc-fingers and homeoboxes 1 (ZHX1) 著者: Wienk, H. / Lammers, I. / Wu, J. / Hotze, A. / Wechselberger, R. / Kaptein, R. / Folkers, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ghf.cif.gz | 735.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ghf.ent.gz | 620.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ghf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/2ghf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/2ghf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12133.544 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc-finger region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZHX1 / プラスミド: pDEST-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (Novagen) / 参照: UniProt: Q9UKY1 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.3 mM ZHX1-ZNF; 50 mM NaPO4; 150 mM NaCl; 40 uM ZnCl2, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 8.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Sparky ASSIGNMENT - CYANA structure calculations; run1: use 70% most intense peaks for initial fold, run2: refine initial fold using all peaks - water refinement with CNS ソフトェア番号: 1 詳細: Structures are based on 2034 distance restraints (including for each of the two zinc-fingers 4 C2H2-to-Zinc restraints and 6 C2H2 restraints to arrange their Zn-coordinating atoms in a ...詳細: Structures are based on 2034 distance restraints (including for each of the two zinc-fingers 4 C2H2-to-Zinc restraints and 6 C2H2 restraints to arrange their Zn-coordinating atoms in a tetrahedron). In addition 192 dihedral restraints were used (100 from TALOS and 92 from CSI). | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the lowest energy,target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |