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- PDB-2ghf: Solution structure of the complete zinc-finger region of human zi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghf
タイトルSolution structure of the complete zinc-finger region of human zinc-fingers and homeoboxes 1 (ZHX1)
要素Zinc fingers and homeoboxes protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / METAL BINDING PROTEIN / C2H2 zinc fingers / 4-stranded parallel/anti-parallel beta-sheet / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding ...cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homez, homeobox domain / ZHX, C2H2 finger domain / Homeodomain leucine-zipper encoding, Homez / Zinc-fingers and homeoboxes C2H2 finger domain / Classic Zinc Finger / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Homez, homeobox domain / ZHX, C2H2 finger domain / Homeodomain leucine-zipper encoding, Homez / Zinc-fingers and homeoboxes C2H2 finger domain / Classic Zinc Finger / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc fingers and homeoboxes protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Sparky ASSIGNMENT - CYANA structure calculations; run1: use 70% most intense peaks for initial fold, run2: refine initial fold using all peaks - water refinement with CNS
データ登録者Wienk, H. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the zinc-finger region of human zinc-fingers and homeoboxes 1 (ZHX1)
著者: Wienk, H. / Lammers, I. / Wu, J. / Hotze, A. / Wechselberger, R. / Kaptein, R. / Folkers, G.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc fingers and homeoboxes protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2643
ポリマ－12,1341
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zinc fingers and homeoboxes protein 1 / ZHX1


分子量: 12133.544 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc-finger region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZHX1 / プラスミド: pDEST-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (Novagen) / 参照: UniProt: Q9UKY1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.3 mM ZHX1-ZNF; 50 mM NaPO4; 150 mM NaCl; 40 uM ZnCl2, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5BRUKERcollection
XwinNMR3.5BRUKER解析
Sparky3Goddard and Knellerデータ解析
CYANA2.1Guntert構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: Sparky ASSIGNMENT - CYANA structure calculations; run1: use 70% most intense peaks for initial fold, run2: refine initial fold using all peaks - water refinement with CNS
ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on 2034 distance restraints (including for each of the two zinc-fingers 4 C2H2-to-Zinc restraints and 6 C2H2 restraints to arrange their Zn-coordinating atoms in a ...詳細: Structures are based on 2034 distance restraints (including for each of the two zinc-fingers 4 C2H2-to-Zinc restraints and 6 C2H2 restraints to arrange their Zn-coordinating atoms in a tetrahedron). In addition 192 dihedral restraints were used (100 from TALOS and 92 from CSI).
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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