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万見
- PDB-2ggl: The mutant A222C of Agrobacterium radiobacter N-carbamoyl-D-amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ggl
タイトルThe mutant A222C of Agrobacterium radiobacter N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
要素N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / N-Carbamoyl-D-Amino-Acid Amidohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, W.C. / Chiu, W.C. / You, J.Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure-Stability-Activity Relationship in Covalently Cross-linked N-Carbamoyl d-Amino acid Amidohydrolase and N-Acylamino acid Racemase.
著者: Chiu, W.C. / You, J.Y. / Liu, J.S. / Hsu, S.K. / Hsu, W.H. / Shih, C.H. / Hwang, J.K. / Wang, W.C.
履歴
登録2006年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2006年4月11日ID: 2FKU
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
B: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
C: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
D: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9654
ポリマ－136,9654
非ポリマー00
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
D: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4822
ポリマ－68,4822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
3
A: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase
B: N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4822
ポリマ－68,4822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.379, 68.101, 138.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The crystal structure of D-NCAase A222C mutant reveals a tetramer with 222 symmetry.

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要素

#1: タンパク質
N-carbamoyl-D-amino acid amidohydrolase


分子量: 34241.129 Da / 分子数: 4 / 変異: A222C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q44185, N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: lithium sulfate, HEPES buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 50489 / % possible obs: 94.8 %
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FO6

1fo6


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.977 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20832 2398 5 %RANDOM
Rwork0.16773 ---
all0.169 ---
obs0.16975 45394 94.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.53 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9568 0 0 402 9970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.94813312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78451204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95923.109476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1151596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3811576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.34769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.56509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.5895
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.346
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3380.59
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 177 -
Rwork0.233 3260 -
obs--93.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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