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- PDB-2ggh: The mutant A68C-D72C-NLQ of Deinococcus Radiodurans Nacylamino ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ggh
タイトルThe mutant A68C-D72C-NLQ of Deinococcus Radiodurans Nacylamino acid racemase
要素N-acylamino acid racemase
キーワードISOMERASE / N-Acylamino Acid Racemase / Deinococcus Radiodurans
機能・相同性
機能・相同性情報


O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-ACETYL-L-GLUTAMINE / N-succinylamino acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, W.C. / Chiu, W.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure-Stability-Activity Relationship in Covalently Cross-linked N-Carbamoyl d-Amino acid Amidohydrolase and N-Acylamino acid Racemase.
著者: Chiu, W.C. / You, J.Y. / Liu, J.S. / Hsu, S.K. / Hsu, W.H. / Shih, C.H. / Hwang, J.K. / Wang, W.C.
履歴
登録2006年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2006年4月11日ID: 2FKR
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylamino acid racemase
B: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,79710
ポリマ－164,3234
非ポリマー4746
水12,647702
1
A: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

A: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

A: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

A: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,59320
ポリマ－328,6468
非ポリマー94712
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
2
B: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

B: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

B: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子

B: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,59320
ポリマ－328,6468
非ポリマー94712
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.188, 116.188, 120.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1569-

HOH

21D-4523-

HOH

詳細The biological assembly is a octamer.

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要素

#1: タンパク質
N-acylamino acid racemase


分子量: 41080.785 Da / 分子数: 4 / 変異: A68C,D72C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: CCRC 12827 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9RYA6, amino-acid racemase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NLQ / N~2~-ACETYL-L-GLUTAMINE / N-ACETYL-L-GLUTAMINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 188.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: lithium sulfate, Tris-HCl, PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 81312 / % possible obs: 99.2 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R0M

1r0m


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.072 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22797 4070 5.1 %RANDOM
Rwork0.18847 ---
all0.19 ---
obs0.19049 76131 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11232 0 30 702 11964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02111472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.96615562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13151454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60822.731520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.969151902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.68915126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.35739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.57768
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.51353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.542
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 289 -
Rwork0.216 5493 -
obs--97.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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