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- PDB-2gfh: Crystal structure of a n-acetylneuraminic acid phosphatase (nanp)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gfh
タイトルCrystal structure of a n-acetylneuraminic acid phosphatase (nanp) from mus musculus at 1.90 A resolution
要素haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 4
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate-9-phosphatase / N-acylneuraminate-9-phosphatase activity / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / Sialic acid metabolism / N-acetylneuraminate metabolic process / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase hydrolase-like domain / : / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Haloacid dehalogenase hydrolase-like domain / : / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N-acylneuraminate-9-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Protein C20orf147 homolog (17391249) from Mus musculus at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY DATA SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5205
ポリマ－29,3051
非ポリマー2154
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 4
ヘテロ分子

A: haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,04110
ポリマ－58,6102
非ポリマー4318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area3360 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.259, 71.259, 195.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 4


分子量: 29304.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: 17391249 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CPT3

-
非ポリマー , 5種, 112分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 9
詳細: 1.8M (NH4)H2PO3, 0.1M TRIS, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月24日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, asymmetrically cut Si(220) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24076 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.304 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsΧ2% possible all
1.9-1.935.30.473.3411201.42793.8
1.93-1.9760.3711151.44596
1.97-2.016.60.32511661.46999.7
2.01-2.058.30.29411911.558100
2.05-2.098.60.24711771.518100
2.09-2.148.60.21211791.47100
2.14-2.198.60.19811841.399100
2.19-2.258.50.18211951.403100
2.25-2.328.60.13411811.30899.8
2.32-2.398.50.12611991.282100
2.39-2.488.50.11111931.353100
2.48-2.588.50.08812061.271100
2.58-2.78.50.08211961.358100
2.7-2.849.60.08112111.30899.9
2.84-3.0211.40.07312141.31699.8
3.02-3.2511.70.06112321.27499.8
3.25-3.5811.70.05312301.19499.8
3.58-4.0911.10.04512411.06399.5
4.09-5.1610.50.04612791.0599.5
5.16-5090.04513671.0796.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 1x42A

解像度: 1.9→44.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.019 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. NA, CL, PO4, AND EDO MODELED BASED ON CRYSTALIIZATION CONDITIONS AND RELATED STRUCTURES. 3. BASED ON HOMOLOGOUS STRUCTURES, NA COULD ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. NA, CL, PO4, AND EDO MODELED BASED ON CRYSTALIIZATION CONDITIONS AND RELATED STRUCTURES. 3. BASED ON HOMOLOGOUS STRUCTURES, NA COULD ALSO BE MODELED AS MG. 4. THERE IS UNMODELED DENSITY NEAR LYS91 AND LYS243. 5. RESIDUES 63-66 ARE DISORDERED AND WERE NOT MODELED. 6. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1209 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 23709 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20.26 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 11 108 2001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.972613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79434127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5365248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.79724.19881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31215342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.851513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.21797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1120.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0610.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.94631226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5813504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.09351969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0428723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.04311642
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 87 -
Rwork0.241 1532 -
obs-1619 93.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3989-0.50490.50542.5462-0.37513.15440.1476-0.10910.09690.04140.0560.1134-0.0496-0.2443-0.2036-0.13750.03470.0839-0.11150.0272-0.23686.20521.22211.852
22.871-1.20230.95343.9727-1.46694.90170.06320.24130.1186-0.6069-0.1244-0.03830.15650.24510.0613-0.02710.0872-0.02550.01080.044-0.0845-6.0629.725-14.221
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11-2 - 1810 - 30
21109 - 247121 - 259
3219 - 10831 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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