PDB-2gf7: Double tudor domain structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gf7

タイトル

Double tudor domain structure

要素

Jumonji domain-containing protein 2A

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / double tudor domain / tudor tandem / trimethyl histone H3 lysine 4 / trimethyl hisone demethylase / jmjc domain containing

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Huang, Y. / Fang, J. / Bedford, M.T. / Zhang, Y. / Xu, R.M.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Recognition of histone H3 lysine-4 methylation by the double tudor domain of JMJD2A
著者: Huang, Y. / Fang, J. / Bedford, M.T. / Zhang, Y. / Xu, R.M.

履歴

登録	2006年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gf7.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gf7.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gf7_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gf7_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
XML形式データ	2gf7_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	2gf7_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d6x-2 5d6w-4 2qqr-2 5d6w-3 5d6x-1 5d6w-2 7d4a-d 2qqr-1 5d6w-1 2qqs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Jumonji domain-containing protein 2A

B: Jumonji domain-containing protein 2A

C: Jumonji domain-containing protein 2A

D: Jumonji domain-containing protein 2A

ヘテロ分子

54.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Jumonji domain-containing protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Jumonji domain-containing protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Jumonji domain-containing protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Jumonji domain-containing protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.915, 189.915, 116.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 13467.824 Da / 分子数: 4 / 断片: double tudor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD2A, JMJD2, KIAA0677 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75164
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.81 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes (7.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X26C / 波長: 0.97930, 0.97990, 0.96000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月13日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9799	1
3	0.96	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
5.6	1	16.8	227181	0.062	1.1	2.2	40428	98.8
5.7	2	20.2	231203	0.053	1.11	2.2	40914	99.6
5.7	3	18.1	264837	0.058	1.15	2.1	46514	98.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	50	4043	96	1	0.046	1.735	5.3
3.76	4.74	4028	97.9	1	0.043	1.418	5.6
3.29	3.76	4033	98.4	1	0.049	1.429	5.6
2.99	3.29	4039	98.9	1	0.062	1.199	5.7
2.77	2.99	4034	99.1	1	0.088	0.973	5.7
2.61	2.77	4055	99.3	1	0.113	0.915	5.7
2.48	2.61	4016	99.5	1	0.158	0.855	5.7
2.37	2.48	4073	99.4	1	0.203	0.84	5.7
2.28	2.37	4022	99.6	1	0.226	0.835	5.7
2.2	2.28	4085	99.8	1	0.303	0.845	5.6
4.74	50	4136	97.6	2	0.037	1.532	5.4
3.76	4.74	4100	99.7	2	0.037	1.482	5.6
3.29	3.76	4137	100	2	0.043	1.222	5.7
2.99	3.29	4085	100	2	0.056	1.135	5.7
2.77	2.99	4117	100	2	0.081	1.052	5.7
2.61	2.77	4089	100	2	0.108	0.968	5.7
2.48	2.61	4060	99.8	2	0.16	0.957	5.7
2.37	2.48	4062	99.9	2	0.206	0.926	5.7
2.28	2.37	4047	99.8	2	0.235	0.929	5.7
2.2	2.28	4081	99.9	2	0.315	0.943	5.7
4.52	50	4660	96.1	3	0.04	1.819	5.5
3.59	4.52	4638	98.1	3	0.039	1.595	5.7
3.14	3.59	4661	98.7	3	0.047	1.269	5.8
2.85	3.14	4651	99	3	0.067	1.09	5.7
2.65	2.85	4631	99.2	3	0.092	1.037	5.7
2.49	2.65	4661	99.3	3	0.143	0.979	5.7
2.37	2.49	4661	99.4	3	0.191	0.955	5.7
2.26	2.37	4670	99.7	3	0.228	0.943	5.7
2.18	2.26	4621	99.6	3	0.311	0.934	5.7
2.1	2.18	4660	99.8	3	0.376	0.93	5.6

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 43255 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.038 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 2.15→2.23 Å / % possible obs: 92.9 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Num. unique obs: 4029 / Χ²: 0.484 / % possible all: 92.9

-
位相決定

Phasing dm shell	解像度: 2.2→50 Å / Delta phi final: 0.205 / FOM : 0.217 / 反射: 75355

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
ADSC		データ収集
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / FOM work R set: 0.813 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	3262	8 %	random
R_work	0.225	-	-	-
all	0.264	43255	-	-
obs	0.264	40028	98.1 %	-

溶媒の処理

B_sol: 42.827 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.137 Å²	-2.679 Å²	0 Å²
2-	-	-0.137 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.274 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3704	0	20	200	3924

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.2-2.21	0.251	56	0.241	663	719
2.21-2.23	0.249	70	0.237	704	774
2.23-2.25	0.326	81	0.274	708	789
2.25-2.26	0.274	74	0.231	718	792
2.26-2.28	0.269	59	0.221	731	790
2.28-2.3	0.237	64	0.214	725	789
2.3-2.31	0.258	56	0.192	708	764
2.31-2.33	0.306	61	0.241	695	756
2.33-2.35	0.308	70	0.234	759	829
2.35-2.37	0.301	72	0.238	722	794
2.37-2.39	0.299	61	0.246	695	756
2.39-2.41	0.327	74	0.263	725	799
2.41-2.43	0.276	68	0.242	734	802
2.43-2.45	0.285	60	0.24	733	793
2.45-2.48	0.342	71	0.262	694	765
2.48-2.5	0.369	64	0.293	775	839
2.5-2.53	0.305	65	0.246	724	789
2.53-2.55	0.334	62	0.274	697	759
2.55-2.58	0.326	71	0.253	743	814
2.58-2.61	0.327	79	0.254	678	757
2.61-2.64	0.276	64	0.25	772	836
2.64-2.67	0.255	78	0.249	696	774
2.67-2.7	0.308	67	0.256	739	806
2.7-2.74	0.284	64	0.249	714	778
2.74-2.77	0.329	66	0.248	754	820
2.77-2.81	0.386	58	0.284	738	796
2.81-2.85	0.289	61	0.249	750	811
2.85-2.89	0.309	62	0.257	729	791
2.89-2.94	0.285	62	0.251	747	809
2.94-2.99	0.249	58	0.237	760	818
2.99-3.04	0.364	67	0.268	718	785
3.04-3.09	0.259	76	0.234	729	805
3.09-3.15	0.312	50	0.273	748	798
3.15-3.22	0.268	53	0.244	774	827
3.22-3.29	0.27	67	0.254	732	799
3.29-3.36	0.334	72	0.251	728	800
3.36-3.45	0.267	63	0.245	748	811
3.45-3.54	0.24	56	0.23	789	845
3.54-3.64	0.23	68	0.238	724	792
3.64-3.76	0.219	53	0.202	750	803
3.76-3.9	0.222	67	0.203	768	835
3.9-4.05	0.242	60	0.201	752	812
4.05-4.24	0.214	56	0.191	760	816
4.24-4.46	0.179	55	0.165	765	820
4.46-4.74	0.208	74	0.162	752	826
4.74-5.1	0.247	69	0.166	740	809
5.1-5.62	0.224	79	0.213	752	831
5.62-6.43	0.28	80	0.233	749	829
6.43-8.09	0.242	62	0.238	775	837
8.09-50	0.218	57	0.207	783	840

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:ion.param

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)