PDB-7d4a: The Crystal Structure of human JMJD2A Tudor domain from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d4a

タイトル

The Crystal Structure of human JMJD2A Tudor domain from Biortus

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catalytic activity / demethylase activity / histone demethylase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Wang, F. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Ju, C. / Bao, X. / Zhu, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human JMJD2A from Biortus.
著者: Wang, F. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Ju, C. / Bao, X. / Zhu, B.

履歴

登録	2020年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d4a.cif.gz	40.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d4a.ent.gz	25.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gf7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d6x-2 2qqr-2 2gf7-4 5d6w-3 2gf7-2 5d6w-4 2gf7-1 2gf7-3 5d6x-1 2qqr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.110, 135.110, 135.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(36) demethylase 4A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4A 分子量: 15044.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75164, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase, [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH7.5, 1.6M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976253 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976253 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→67.56 Å / Num. obs: 11007 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 41.4 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / R_merge(I) obs: 2.749 / Num. unique obs: 836

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2gf7

2gf7

解像度: 2.201→55.219 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.948 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	558	5.077 %
R_work	0.2297	10433	-
all	0.232	-	-
obs	-	10991	99.918 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→55.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	930	0	5	20	955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.647	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	1.579	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.569	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.976	24.386	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.457	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.616	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.052	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.081	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.435	5.359	463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.392	5.352	462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.68	8.026	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.698	8.032	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.211	5.904	492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.185	5.877	488
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.267	8.696	720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.25	8.656	714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.89	60.986	981
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.872	60.972	980

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.201-2.258	0.323	32	0.323	761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.258-2.32	0.288	41	0.288	731	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
2.32-2.387	0.353	27	0.303	735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.461	0.419	36	0.304	685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.461-2.541	0.383	35	0.327	671	X-RAY DIFFRACTION	99.7175
2.541-2.63	0.307	40	0.305	652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.729	0.26	31	0.26	632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.841	0.32	38	0.301	606	X-RAY DIFFRACTION	99.845
2.841-2.967	0.29	29	0.276	581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.967-3.111	0.304	34	0.298	578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.279	0.352	30	0.278	543	X-RAY DIFFRACTION	99.4792
3.279-3.477	0.356	32	0.245	505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.477-3.717	0.268	25	0.22	483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.717-4.014	0.252	31	0.203	444	X-RAY DIFFRACTION	100
4.014-4.395	0.228	23	0.177	423	X-RAY DIFFRACTION	100
4.395-4.911	0.165	12	0.148	388	X-RAY DIFFRACTION	100
4.911-5.666	0.241	20	0.186	343	X-RAY DIFFRACTION	100
5.666-6.927	0.201	23	0.201	291	X-RAY DIFFRACTION	100
6.927-9.746	0.243	10	0.195	246	X-RAY DIFFRACTION	100
9.746-55.219	0.241	10	0.21	149	X-RAY DIFFRACTION	99.375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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