PDB-2gez: Crystal structure of potassium-independent plant asparaginase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gez

タイトル

Crystal structure of potassium-independent plant asparaginase

要素

L-asparaginase alpha subunit
L-asparaginase beta subunit

キーワード

HYDROLASE / isoaspartyl aminopeptidase / L-asparaginase / Ntn-hydrolase / autoproteolysis / taspase / sodium binding

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / beta-aspartyl-peptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Michalska, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of plant asparaginase.
著者: Michalska, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2006年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gez.cif.gz	225.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gez.ent.gz	179.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2gez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2gez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k2xS 1apy 1jn9 1t3m 2a8j 2gaw 2zal S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3md7-1 1fx4-1 1ipe-3 5u8p-d 1o98-d 3vc7-3 2gzm-1 3ugf-1 5t46-d 5wjs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-asparaginase alpha subunit

B: L-asparaginase beta subunit

C: L-asparaginase alpha subunit

D: L-asparaginase beta subunit

E: L-asparaginase alpha subunit

F: L-asparaginase beta subunit

G: L-asparaginase alpha subunit

H: L-asparaginase beta subunit

ヘテロ分子

139 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-asparaginase alpha subunit

B: L-asparaginase beta subunit

C: L-asparaginase alpha subunit

D: L-asparaginase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-asparaginase alpha subunit

F: L-asparaginase beta subunit

G: L-asparaginase alpha subunit

H: L-asparaginase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.68, 60.20, 114.63
Angle α, β, γ (deg.)	100.6, 92.9, 113.4
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The asymmetric unit contains two biological assemblies. Each of them is an (alpha/beta)2 heterotetramer or a dimer of (alpha/beta) heterodimers. Subunits alpha (chains A, C, E, G) and beta (chains B, D, F, H) are, respectively, the N- and C-terminal products of autoproteolytic cleavage of a precursor.

#1: タンパク質	L-asparaginase alpha subunit / L-asparagine amidohydrolase 分子量: 21165.877 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal subunit (residues 1-192) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) 株: cv. Ventus / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RIP / 参照: UniProt: Q9ZSD6, asparaginase
#2: タンパク質	L-asparaginase beta subunit / L-asparagine amidohydrolase 分子量: 13617.478 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal subunit (residues 193-325) / 由来タイプ: 組換発現詳細: Subunits alpha (chains A, C, E, G) and beta (chains B, D, F, H) are, respectively, the N- and C-terminal products of autoproteolytic cleavage of a precursor 由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) 株: cv. Ventus / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus RIP / 参照: UniProt: Q9ZSD6, asparaginase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月5日
放射	モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 34621 / Num. obs: 34621 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 3371 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K2X

1k2x

解像度: 2.6→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 22.964 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	1741	5 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
all	0.192	34621	-	-
obs	0.192	32880	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.13 Å²	1.3 Å²	0.02 Å²
2-	-	4.16 Å²	0.19 Å²
3-	-	-	-1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8693	0	10	112	8815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8823
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d		0.02	8244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.967	11962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg		3	19153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.956	5	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg		24.663	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg		15	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg		15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other		0.02	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other		0.2	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other		0.2	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined		0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other		0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined		0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.477	1.5	5815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other		1.5	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.879	2	9312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.479	3	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.538	4.5	2650

LS精密化シェル

最高解像度: 2.6 Å / Num. reflection R_work: 4685 / Total num. of bins used: 10

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6966	-0.4412	-0.865	1.5555	0.5298	1.9216	-0.0254	0.4774	0.4306	-0.2663	0.0412	-0.0507	-0.3187	0.1716	-0.0159	-0.0068	-0.072	0.0046	-0.0565	0.0528	0.0073	9.7507	11.1189	-10.71
2	2.0609	-0.387	-0.1675	1.7133	0.4475	1.8755	-0.0492	0.314	-0.18	-0.0348	0.0128	0.1306	0.188	0.0133	0.0365	-0.0515	-0.0412	0.0022	0.0512	-0.017	-0.0879	5.387	-3.4236	-13.8382
3	1.097	0.6393	-0.1592	1.8701	-0.3591	1.511	0.0236	-0.2114	0.0891	0.1435	0.014	0.0127	-0.0238	0.0562	-0.0376	-0.0977	0.0628	0.0318	-0.102	-0.0298	-0.0638	-10.4429	1.2893	14.7101
4	2.2398	-0.0775	-0.1422	1.2645	0.5172	1.6128	-0.1251	-0.0554	-0.3559	-0.0256	0.0475	-0.1299	0.2544	0.1252	0.0776	-0.0399	0.0234	0.0253	-0.1263	0.0096	-0.0596	-4.0657	-11.288	9.2378
5	1.378	-0.5315	0.2864	1.8407	-0.1625	1.4255	0.0183	0.1831	-0.1371	-0.1231	0.0325	0.0505	0.0883	-0.0202	-0.0508	-0.1017	-0.0342	-0.016	-0.1286	-0.0293	-0.0635	-10.5513	25.6242	37.4893
6	2.1706	-0.2974	0.2308	1.2707	0.6957	2.0304	-0.126	0.0767	0.3416	-0.0067	0.026	-0.0712	-0.3309	0.1574	0.1	-0.0635	-0.0311	-0.0259	-0.1482	0.0067	-0.0406	-4.0821	38.2709	42.7524
7	2.4514	0.7333	0.6664	1.606	0.1874	2.4146	0.0848	-0.4256	-0.4083	0.1964	0.009	-0.0515	0.2956	0.1487	-0.0938	-0.0353	0.0647	0.0028	-0.0685	0.052	-0.0054	9.8062	16.1338	62.9469
8	2.453	1.0993	0.7347	1.5898	0.43	1.977	-0.0303	-0.4083	0.1588	0.0987	-0.0204	0.1162	-0.1782	-0.0682	0.0507	-0.0367	0.0372	-0.0031	-0.0176	-0.0272	-0.0863	5.4497	30.7171	65.9204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 159	5 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	193 - 325	1 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 167	5 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	193 - 325	1 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 166	5 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	193 - 325	1 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	2 - 159	5 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	193 - 325	1 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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