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- PDB-2geq: Crystal Structure of a p53 Core Dimer Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2geq
タイトルCrystal Structure of a p53 Core Dimer Bound to DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*C)-3'
  • Cellular tumor antigen p53
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / Tumor Suppressor / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Regulation of TP53 Expression / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of thymocyte apoptotic process / PI5P Regulates TP53 Acetylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Stabilization of p53 ...Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Regulation of TP53 Expression / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of thymocyte apoptotic process / PI5P Regulates TP53 Acetylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Stabilization of p53 / Regulation of TP53 Activity through Methylation / G2/M DNA damage checkpoint / Regulation of TP53 Degradation / Oncogene Induced Senescence / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Ovarian tumor domain proteases / PKR-mediated signaling / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / regulation of cellular senescence / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of DNA biosynthetic process / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / embryo development ending in birth or egg hatching / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of leukocyte migration / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / mitophagy / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of mitotic cell cycle / response to X-ray / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / neuroblast proliferation / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromosome organization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to glucose starvation / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / positive regulation of cell cycle / regulation of neuron apoptotic process / type II interferon-mediated signaling pathway / response to UV / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / gastrulation
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #720 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily ...Immunoglobulin-like - #720 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ho, W.C. / Fitzgerald, M.X. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the p53 Core Domain Dimer Bound to DNA.
著者: Ho, W.C. / Fitzgerald, M.X. / Marmorstein, R.
履歴
登録2006年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8028
ポリマ－55,4264
非ポリマー3754
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.755, 94.290, 119.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*C)-3'


分子量: 4899.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 22814.057 Da / 分子数: 2 / Fragment: p53 core domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tp53, P53, Trp53 / プラスミド: pRSET A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02340
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M NH4Cl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M Tris-HCl, 28% Peg 4000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NH4Cl11
2CaCl211
3Tris-HCl11
4Peg 400011
5H2O11
6NH4Cl12
7CaCl212
8Peg 400012
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 23284 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique all: 2109 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TSR

1tsr


解像度: 2.3→47.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 98647.523 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1152 5.3 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs-21916 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.006 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2---5.4 Å20 Å2
3---6.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 574 18 236 3833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 107 5.6 %
Rwork0.253 1813 -
obs-1920 84.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5trs_xplor_par.txttrs_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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