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万見
- PDB-2gdr: Crystal structure of a bacterial glutathione transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gdr
タイトルCrystal structure of a bacterial glutathione transferase
要素glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / protein homodimer / each monomer contains two domains / N-term domain is mixed beta sheets and alpha helices / C-term domain is alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / : / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tocheva, E.I. / Fortin, P.D. / Eltis, L.D. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structures of Ternary Complexes of BphK, a Bacterial Glutathione S-Transferase That Reductively Dechlorinates Polychlorinated Biphenyl Metabolites.
著者: Tocheva, E.I. / Fortin, P.D. / Eltis, L.D. / Murphy, M.E.
履歴
登録2006年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年12月14日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutathione S-transferase
B: glutathione S-transferase
C: glutathione S-transferase
D: glutathione S-transferase
E: glutathione S-transferase
F: glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,37515
ポリマ－133,6096
非ポリマー2,7669
水3,873215
1
A: glutathione S-transferase
B: glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4585
ポリマ－44,5362
非ポリマー9223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
2
C: glutathione S-transferase
D: glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4585
ポリマ－44,5362
非ポリマー9223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
3
E: glutathione S-transferase
F: glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4585
ポリマ－44,5362
非ポリマー9223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.440, 103.440, 262.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
glutathione S-transferase


分子量: 22268.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: bphK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 27528348, UniProt: Q59721*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 323 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1M K/Na tartrate, 0.1 M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97974 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 92159 / Num. obs: 92159 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GDH

2gdh
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The twinning operator is h,-h-k,-l. The twinning fraction is 0.45.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2045 4153 RANDOM
Rwork0.1614 --
all0.1614 87648 -
obs0.1614 87648 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9414 0 180 215 9809
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Num. reflection Rfree: 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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