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- PDB-2gdq: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gdq
タイトルCrystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Bacillus subtilis at 1.8 A resolution
要素yitF
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme / TIM-barrel / enolase / octamer / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素 / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / isomerase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative isomerase YitF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Emtage, S. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. ...Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Emtage, S. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / Powell, A. / Boice, A. / Gheyi, T. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Sali, A. / Babbitt, P. / Pieper, U. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Bacillus subtilis at 1.8 A resolution
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Emtage, S. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / ...著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Emtage, S. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / Powell, A. / Boice, A. / Gheyi, T. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Sali, A. / Babbitt, P. / Pieper, U. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: yitF
B: yitF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8032
ポリマ－86,8032
非ポリマー00
水13,349741
1
A: yitF
B: yitF

A: yitF
B: yitF

A: yitF
B: yitF

A: yitF
B: yitF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,2128
ポリマ－347,2128
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area27170 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area99180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.374, 113.246, 168.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1153-

HOH

21A-1167-

HOH

詳細The biological assembly is a octamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -x,1-y,z; x,1-y,-z; -x,y,-z

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要素

#1: タンパク質 yitF


分子量: 43401.492 Da / 分子数: 2 / 断片: mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
生物種: Bacillus subtilis / 株: 168 / 遺伝子: yitF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06741
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日 / 詳細: SGX-CAT
放射モノクロメーター: SGX-CAT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 72140 / Num. obs: 70561 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2% possible all
1.8-1.8687.440.84562520.62987.4
1.86-1.9494.64.70.63267600.664
1.94-2.0398.34.40.50569921.229
2.03-2.1399.44.80.3171191.021
2.13-2.2799.75.10.17671710.777
2.27-2.4499.64.80.18771191.373
2.44-2.6999.95.70.0972100.902
2.69-3.081006.10.06372100.947
3.08-3.881006.40.0473131.023
3.88-50996.30.02974151.024

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.46 Å
Translation2.5 Å27.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MUC

1muc


解像度: 1.8→27.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.822 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3548 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.2 72000 --
obs0.2 70202 96.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5958 0 0 741 6699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9448301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7785746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49123.38284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.496151033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6081544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.23084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24212
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0291.53832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53325991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42632688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5944.52310
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 212 -
Rwork0.327 3965 -
obs-4177 78.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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