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- PDB-2gch: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA-CHYMOTRYPSIN AT 1.9 ANGSTROMS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gch
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA-CHYMOTRYPSIN AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(GAMMA-CHYMOTRYPSIN A) x 3
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cohen, G.H. / Davies, D.R. / Silverton, E.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Refined crystal structure of gamma-chymotrypsin at 1.9 A resolution. Comparison with other pancreatic serine proteases.
著者: Cohen, G.H. / Silverton, E.W. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Stereochemistry of Substrate Binding to Chymotrypsin A Gamma
著者: Segal, D.M. / Cohen, G.H. / Davies, D.R. / Powers, J.C. / Wilcox, P.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1971
タイトル: Substrate Binding Site in Chymotrypsin A Gamma, Crystallographic Study Using Peptide Chloromethyl Ketones as Site-Specific Inhibitors
著者: Segal, D.M. / Powers, J.C. / Cohen, G.H. / Davies, D.R. / Wilcox, P.E.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1970
タイトル: The Relation between Gamma-and Alpha-Chymotrypsin, II.Direct Comparison of the Electron Densities at 5.5 Angstroms Resolution
著者: Cohen, G.H. / Matthews, B.W. / Davies, D.R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1969
タイトル: Structure of Gamma-Chymotrypsin at 5.5 Angstroms Resolution
著者: Cohen, G.H. / Silverton, E.W. / Matthews, B.W. / Braxton, H. / Davies, D.R.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1968
タイトル: Relation between Gamma-and Alpha-Chymotrypsin
著者: Matthews, B.W. / Cohen, G.H. / Silverton, E.W. / Braxton, H. / Davies, D.R.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1964
タイトル: The Isomorphous Heavy-Atom Substitution at the Active Site of Gamma Chymotrypsin
著者: Sigler, P.B. / Skinner, H.C.W. / Coulter, C.L. / Kallos, J. / Braxton, H. / Davies, D.R.
#7: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#8: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1980年5月21日処理サイト: BNL
置き換え1980年7月9日ID: 1GCH
改定 1.01980年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年6月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2633
ポリマ－25,2633
非ポリマー00
水2,720151
1
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A

E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5256
ポリマ－50,5256
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.600, 69.600, 97.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-229-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
250 %satammonium sulfate11
1protein1125mg

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 19650 / Num. obs: 15395

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→7 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.181 -
obs-14992
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 0 151 1889
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.2080.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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