PDB-2gb7: Metal-depleted Ecl18kI in complex with uncleaved, modified DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gb7

タイトル

Metal-depleted Ecl18kI in complex with uncleaved, modified DNA

要素

DNA STRAND 1
DNA STRAND 2
R.Ecl18kI

キーワード

hydrolase/DNA / ECL18KI-DNA COMPLEX / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE FLIPPING / BASE EXTRUSION / hydrolase-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bochtler, M. / Szczepanowski, R.H. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Czapinska, H. / Manakova, E. / Siksnys, V.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Nucleotide flips determine the specificity of the Ecl18kI restriction endonuclease
著者: Bochtler, M. / Szczepanowski, R.H. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Czapinska, H. / Manakova, E. / Siksnys, V.

履歴

登録	2006年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 300

BIOMOLECULE 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	2gb7_validation.cif.gz	73 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	2fqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fqz-2 3tdl-d 5okl-2 2fqz-1 3kij-d 4fme-2 2yds-d 6rhe-d 5id7-2 3eev-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

E: DNA STRAND 1

F: DNA STRAND 2

G: DNA STRAND 1

H: DNA STRAND 2

A: R.Ecl18kI

B: R.Ecl18kI

C: R.Ecl18kI

D: R.Ecl18kI

155 kDa, 8 ポリマー
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1

E: DNA STRAND 1

F: DNA STRAND 2

A: R.Ecl18kI

B: R.Ecl18kI

登録者が定義した集合体
77.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DNA STRAND 1

H: DNA STRAND 2

C: R.Ecl18kI

D: R.Ecl18kI

登録者が定義した集合体
77.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.697, 96.739, 192.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA STRAND 1 分子量: 2741.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	DNA STRAND 2 分子量: 2732.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質	R.Ecl18kI / Restriction endonuclease 分子量: 35938.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: ecl18kIR / プラスミド: pUC129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O87963
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 % 解説: Data for refinement were collected at 1.05 A. MAD data were collected on a bromide soaked crystal (1.05, 0.900, 0.9198, 0.9200) and on a crystal of the selenomethionine variant (0.9792, 0.9795)
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.4M (NH4)H2PO4, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6	1	1.05, 0.900, 0.9198, 0.9200
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6	2	0.9792, 0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2002年11月6日	Double focusing X-ray optics
MARRESEARCH	2	CCD	2005年9月18日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.05	1
2	0.9	1
3	0.9198	1
4	0.92	1
5	0.9792	1
6	0.9795	1

反射

解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 158490 / Num. obs: 158490 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 31

反射シェル

解像度: 1.7→1.72 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 5907 / R_sym value: 0.34 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
GETAX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.763 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS refinement used. The identity of nucleotide 0 (zero) in chains F and H is uncertain (currently assigned as T). See the details in the primary citation.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	7898	10 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.208	157798	-	-
obs	0.208	157798	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9695	726	0	602	11023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	10697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	2.05	14585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.09	5	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.589	24.328	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.312	15	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.786	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	5643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	7596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.288	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.18	1.5	6004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.463	2	9548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.591	3	5585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.4	4.5	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.73 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	499	-
R_work	0.25	9078	-
obs	-	10104	92.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0601	1.1937	1.2572	0.9238	0.7223	1.5249	0.3297	-0.2254	-0.6211	0.1206	-0.0072	-0.0257	0.5275	-0.1507	-0.3226	0.2357	-0.0738	-0.2076	-0.2154	0.1146	0.4742	39.198	19.74	23.922
2	1.1192	0.0078	0.7232	1.4427	-0.3256	1.4955	0.1706	-0.1297	-0.2364	0.1215	-0.0473	-0.0551	0.107	0.0675	-0.1233	0.1101	-0.0086	-0.0411	0.0107	0.0151	0.294	55.566	38.512	30.121
3	0.8903	-0.4904	0.3031	2.5858	-0.1824	0.6351	0.1464	0.0381	-0.253	-0.1659	-0.0193	0.1071	0.1881	-0.1445	-0.1271	0.1682	-0.0255	-0.1108	-0.027	-0.0106	0.3106	25.465	32.04	4.296
4	1.3544	0.1325	0.8393	0.5682	-0.1639	1.0227	-0.0185	0.0402	0.0266	-0.0422	0.0092	0.0164	-0.0615	-0.0361	0.0094	0.1119	0.0083	-0.0014	0.0098	-0.0065	0.2435	32.398	56.611	9.54
5	0.5822	-0.5398	0.3642	2.1603	-0.144	0.4039	-0.0339	-0.0467	0.1779	0.0069	-0.0782	-0.2669	-0.0986	0.1696	0.1121	0.0912	-0.0475	-0.022	0.0557	0.0071	0.3165	78.834	83.658	29.07
6	1.7571	-0.2703	0.0733	0.7357	0.0188	0.2948	0.0476	0.0092	-0.1408	-0.0043	-0.0379	-0.0294	0.0388	0.0299	-0.0097	0.1079	0.0011	-0.013	0.0363	0.0089	0.2346	70.614	59.309	27.154
7	2.1993	0.3812	0.9126	0.4935	0.2079	0.8086	-0.0883	-0.0484	0.5152	0.1144	0.0026	0.0426	-0.1472	-0.0102	0.0858	0.1381	0.0005	-0.0246	-0.0426	-0.0651	0.3792	55.399	96.49	31.504
8	1.1713	0.2667	-0.0713	0.7881	0.1993	0.554	0.0481	-0.0252	0.105	0.0573	-0.0819	0.0968	0.0115	-0.0812	0.0339	0.108	-0.022	0.0098	0.0419	-0.0157	0.2567	39.688	77.427	23.078
9	2.1241	0.4903	1.3536	0.8372	-0.3893	3.6327	0.2683	-0.0887	-0.3564	-0.0097	0.0163	-0.0389	0.1978	-0.1688	-0.2847	0.1604	-0.0036	-0.0873	-0.0808	0.0056	0.3193	39.184	32.814	16.103
10	1.4575	-0.223	0.8806	2.9092	-1.3075	1.782	0.2167	-0.0143	-0.2446	-0.0228	-0.0063	0.1265	0.1322	-0.0708	-0.2104	0.15	-0.0405	-0.0748	-0.0241	0.0117	0.3046	34.178	35.479	16.409
11	1.9397	-0.4181	-0.4839	2.9661	0.8445	1.1109	-0.0038	-0.0398	0.0775	0.1025	0.0056	-0.1305	0.0292	-0.021	-0.0018	0.1128	-0.0199	-0.0033	0.058	-0.023	0.2405	64	80.478	30.116
12	3.127	0.3379	-0.4792	1.5815	0.3241	1.0215	-0.1094	-0.1028	0.2558	-0.0517	0.0793	0.1064	0.056	0.0821	0.0301	0.1294	-0.0065	-0.0068	0.0236	-0.0234	0.2519	60.865	83.142	26.273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	153 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	154 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	154 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	4 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	155 - 304
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	-4 - 4
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	-4 - 4
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	-4 - 4
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	-4 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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