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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gaw | ||||||
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タイトル | WILD TYPE GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM | ||||||
![]() | (GLYCOSYLASPARAGINASE) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSYLASPARAGINASE / N-TERMINAL NUCLEOPHILE HYDROLASE / AUTOPROTEOLYSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase / N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase activity / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / periplasmic space / lysosome / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, H.-C. / Xu, Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Flavobacterium glycosylasparaginase. An N-terminal nucleophile hydrolase activated by intramolecular proteolysis. 著者: Guo, H.C. / Xu, Q. / Buckley, D. / Guan, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99998, 0.0057, -0.00245), ベクター: 詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO MOLECULES OF HETERODIMERS (A+B AND C+D). EACH HETERODIMER IS AUTOPROTEOLYZED FROM A SINGLE CHAIN PRECURSOR THE SEQUENCE COMPARISON IS DONE. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16819.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PMAL FUSION PROTEIN / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q47898, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #2: タンパク質 | 分子量: 15378.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PMAL FUSION PROTEIN / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q47898, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % 解説: INITIAL MODEL WAS FROM A PARTIAL T152C MUTANT MODEL BY MIR METHOD | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 23999 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 1.76 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.23 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 63.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.3 % / Rmerge(I) obs: 0.135 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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