[日本語] English
万見
- PDB-2gas: Crystal Structure of Isoflavone Reductase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gas
タイトルCrystal Structure of Isoflavone Reductase
要素isoflavone reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-hydroxyisoflavone reductase / 2'-hydroxyisoflavone reductase activity / lignan biosynthetic process / defense response
類似検索 - 分子機能
Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / : / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / : / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isoflavone reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wang, X. / He, X. / Lin, J. / Shao, H. / Chang, Z. / Dixon, R.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Isoflavone Reductase from Alfalfa (Medicago sativa L.)
著者: Wang, X. / He, X. / Lin, J. / Shao, H. / Chang, Z. / Dixon, R.A.
履歴
登録2006年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: isoflavone reductase
B: isoflavone reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6022
ポリマ－68,6022
非ポリマー00
水16,250902
1
A: isoflavone reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3011
ポリマ－34,3011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: isoflavone reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3011
ポリマ－34,3011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.064, 53.000, 74.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-445-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 isoflavone reductase


分子量: 34300.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52575
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M sodium citrate, 0.1M HEPES, 2% Pluronic F-68, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日
放射モノクロメーター: OSMIC CONFOCAL MAX-FLUX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→81 Å / Num. all: 82425 / Num. obs: 82425 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7849 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QYC

1qyc


解像度: 1.6→81 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.226 8030 RANDOM
Rwork0.193 --
all0.196 80106 -
obs0.196 80106 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 0 0 902 5742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 1171
Rwork0.3 -
obs-11109

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る