+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gaa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of YFH7 from Saccharomyces cerevisiae: a putative P-loop containing kinase with a circular permutation. | ||||||
![]() | Hypothetical 39.9 kDa protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / YFR007w / YFH7 | ||||||
機能・相同性 | ![]() 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / kinase activity / phosphorylation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaptal, V. / Morera, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and functional analysis identify the P-loop containing protein YFH7 of Saccharomyces cerevisiae as an ATP-dependent kinase. 著者: Gueguen-Chaignon, V. / Chaptal, V. / Lariviere, L. / Costa, N. / Lopes, P. / Morera, S. / Nessler, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 61.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 453.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40996.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 5000MME ammonium sulfate, pH 6.5,VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 23990 / Num. obs: 23765 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique all: 3436 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 99 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GA8 解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|