- PDB-2g9d: Crystal Structure of Succinylglutamate desuccinylase from Vibrio ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2g9d
タイトル
Crystal Structure of Succinylglutamate desuccinylase from Vibrio cholerae, Northeast Structural Genomics Target VcR20
要素
Succinylglutamate desuccinylase
キーワード
HYDROLASE / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報
succinylglutamate desuccinylase / succinylglutamate desuccinylase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process to glutamate / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / arginine catabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
SHELX
位相決定
SOLVE
位相決定
RESOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→23.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 426177.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: XtalView was also used for the refinement.