PDB-2g98: human gamma-D-crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g98

タイトル

human gamma-D-crystallin

要素

Gamma crystallin D

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Crystalline

機能・相同性

機能・相同性情報

lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / cellular response to reactive oxygen species / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kmoch, S. / Brynda, J. / Awsav, B. / Bezouska, K. / Novak, P. / Rezacova, P.

引用

ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2000
タイトル: Link between a novel human gamma-D-crystallin allele and a unique cataract phenotype explained by protein crystallography.
著者: Kmoch, S. / Brynda, J. / Awsav, B. / Bezouska, K. / Novak, P. / Rezacova, P. / Ondrova, L. / Filipec, M. / Sedlacek, J. / Elleder, M.

履歴

登録	2006年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g98.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g98.ent.gz	64.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g98_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g98_full_validation.pdf.gz	462 KB	表示
XML形式データ	2g98_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	2g98_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/2g98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/2g98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1elpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eta-1 4gr7-2 6etc-d 6eta-2 4gr7-1 6w5b-d 1a45-d 5ht9-d 2jdg-d 2v2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Gamma crystallin D

B: Gamma crystallin D

41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma crystallin D

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gamma crystallin D

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.375, 81.778, 106.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 4

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASP	ASP	A	A	1 - 171	1 - 171
2	ILE	ILE	B	B	1 - 170	1 - 170

#1: タンパク質	Gamma crystallin D / Gamma crystallin 4 分子量: 20564.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07320
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化	詳細: Several crystals, ~0.15 x 0.15 x 0.5 mm from the lens tissue extract were transferred to PBS buffer with 25% (v/v) glycerol and flash cooled in 100 K nitrogen stream for measurements.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3
検出器	日付: 1999年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.62 Å / Num. obs: 21417 / % possible obs: 99.6 % / R_merge(I) obs: 0.062
反射シェル	最高解像度: 2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ELP

1elp

解像度: 2.2→27.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.803 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25735	1153	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1973	-	-	-
obs	0.20034	21414	100 %	-
all	-	21417	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2767	0	0	152	2919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.037	0.021	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.687	1.927	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.52	3	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.077	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.202	22.138	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.269	15	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.348	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.19	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.3	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.206	0.2	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.113	0.2	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.238	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.072	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.269	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.736	1.5	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.64	1.5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.194	2	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.915	3	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.981	4.5	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2236 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.56	0.5
medium thermal	3.64	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	80	-
R_work	0.222	1419	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8416	-0.2991	-0.0381	1.6973	0.4413	2.9876	0.0358	-0.2146	-0.2201	0.239	-0.1756	-0.0661	-0.0907	0.0921	0.1398	-0.0361	-0.0595	0.0045	-0.0627	0.0276	-0.0659	5.432	22.384	16.669
2	3.6815	-0.3314	-1.1702	2.2788	0.5749	3.1613	0.1441	0.4248	-0.1298	-0.0455	-0.2094	0.0518	-0.078	-0.306	0.0653	-0.146	0.0495	-0.0109	-0.0119	-0.0887	-0.0869	6.81	18.972	-6.666
3	2.1313	1.8018	-0.6932	7.5334	-4.1827	3.7469	0.0699	-0.0708	0.1249	-0.0993	-0.7547	-0.6357	-0.0341	0.6272	0.6848	-0.0707	0.0335	-0.0049	0.0468	0.2421	-0.0028	9.812	2.763	33.741
4	7.8486	-0.4747	-0.9305	4.1231	0.3007	4.3629	0.0062	0.4702	-0.1931	-0.3022	0.0014	-0.6083	-0.1311	0.1547	-0.0076	0.0686	-0.0188	0.0962	0.0164	0.2407	0.2406	33.52	2.765	33.29

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 82	1 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	83 - 171	83 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 82	1 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	83 - 170	83 - 170

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関連情報:EMDBヘッダ

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