PDB-2g76: Crystal structure of human 3-phosphoglycerate dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g76

タイトル

Crystal structure of human 3-phosphoglycerate dehydrogenase

要素

D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / phosphoglycerate dehydrogenase deficiency / serine metabolism / 2-hydroxyacid dehydrogenases / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate reductase / threonine metabolic process / glial cell development / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / taurine metabolic process / gamma-aminobutyric acid metabolic process / Serine metabolism / glycine metabolic process / malate dehydrogenase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Salah, E. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human 3-phosphoglycerate dehydrogenase
著者: Turnbull, A.P. / Salah, E. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U.

履歴

登録	2006年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g76.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g76.ent.gz	102 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1psdS 1ygyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6plg-4 6plg-2 6rj3-d 6plf-d 5mh6-1 1j49-d 5mh6-2 5n6c-d 6plg-3 3uto-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.084, 124.113, 59.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	A	A	6 - 100	27 - 121
2	1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	B	B	6 - 100	27 - 121
3	2	1	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	290 - 306	311 - 327
4	2	1	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	290 - 306	311 - 327
1	1	2	ASN	ASN	GLU	GLU	A	A	101 - 289	122 - 310
2	1	2	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	101 - 289	122 - 310

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / 3-PGDH 分子量: 36102.418 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHGDH, PGDH3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)R3 / 参照: UniProt: O43175, phosphoglycerate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M MMT, 30 % PEG1k, 5mM NAD+, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99806 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月9日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.2 Å / Num. all: 66626 / Num. obs: 66626 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YGY, 1PSD

1ygy

1psd

解像度: 1.7→36.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.638 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21644	3371	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18098	-	-	-
obs	0.1828	63219	98.6 %	-
all	-	63219	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.461 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4413	0	106	278	4797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	2.009	6314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.893	5	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.94	25.205	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.983	15	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.396	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.046	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.194	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.129	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.709	1.5	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.186	1.5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.014	2	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.759	3	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.637	4.5	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	658	medium positional	0.23	0.5
2	1103	medium positional	0.12	0.5
1	574	loose positional	0.37	5
2	1275	loose positional	0.54	5
1	658	medium thermal	0.62	2
2	1103	medium thermal	0.63	2
1	574	loose thermal	0.87	10
2	1275	loose thermal	1.1	10

LS精密化シェル

解像度: 1.697→1.742 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	203	-
R_work	0.229	4353	-
obs	-	-	91.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6041	-1.3483	2.4223	3.3899	-2.0423	7.6322	-0.2391	-0.2632	0.2981	0.3354	0.3545	0.223	-1.2142	-0.8573	-0.1153	0.2102	0.1543	0.0645	0.0006	0.0649	0.0796	-5.368	45.2781	1.6769
2	1.4582	-0.0965	0.1938	0.7801	-0.2699	1.9589	0.0551	0.1753	-0.0487	-0.109	-0.0591	0.0181	0.1489	0.0688	0.004	-0.1425	0.0445	0.0072	-0.0922	-0.0021	-0.1141	7.9754	17.1719	3.8216
3	2.8336	0.6273	-0.8816	4.792	0.1096	2.7131	-0.0732	-0.1354	-0.4697	0.2717	-0.044	-0.1305	0.9208	0.0542	0.1172	0.3423	0.0951	-0.0113	-0.0958	0.0203	0.0728	13.0254	-12.629	28.1536
4	1.2883	-0.0293	0.0511	0.556	-0.2771	2.3539	-0.0447	-0.1771	-0.0112	0.0687	0.0706	0.0411	0.0231	-0.1127	-0.0259	-0.1502	0.0416	0.0038	-0.1064	0.0094	-0.1062	3.9803	17.2672	27.645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 100	27 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	290 - 306	311 - 327
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	101 - 289	122 - 310
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	6 - 100	27 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	290 - 306	311 - 327
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	101 - 289	122 - 310

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