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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g71 | ||||||
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タイトル | Structure of hPNMT with inhibitor 3-fluoromethyl-7-trifluoropropyl-THIQ and AdoHcy | ||||||
要素 | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tyndall, J.D.A. / Gee, C.L. / Martin, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007 タイトル: Enzyme Adaptation to Inhibitor Binding: A Cryptic Binding Site in Phenylethanolamine N-Methyltransferase 著者: Gee, C.L. / Drinkwater, N. / Tyndall, J.D.A. / Grunewald, G.L. / Wu, Q. / McLeish, M.J. / Martin, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g71.cif.gz | 125.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g71.ent.gz | 96.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2g71_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2g71_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2g71_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2g71_validation.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g71 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: pnmt / プラスミド: PNMT-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: HiRes2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→34.96 Å / Num. all: 43780 / Num. obs: 43750 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.52 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.3 / Scaling rejects: 2486 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.53 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured all: 32246 / Num. unique obs: 4274 / Χ2: 1.19 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1HNN 解像度: 2.2→34.96 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 46.633 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.136 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
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Xplor file |
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