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- PDB-2g5w: X-ray crystal structure of Arabidopsis thaliana 12-oxophytodienoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g5w
タイトルX-ray crystal structure of Arabidopsis thaliana 12-oxophytodienoate reductase isoform 3 (AtOPR3) in complex with 8-iso prostaglandin A1 and its cofactor, flavin mononucleotide.
要素12-oxophytodienoate reductase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / At2g06050 / OPR ISOFORM 3 / FLAVOPROTEIN / FLAVOENZYME / XENOBIOTIC REDUCTASE / OLD YELLOW ENZYME / SECONDARY MESSENGER / STRUCTURAL GENOMICS FUNCTIONAL FOLLOW-UP STUDY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / stamen development / jasmonic acid biosynthetic process / response to ozone / oxylipin biosynthetic process / response to fungus / peroxisome / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8PG / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 12-oxophytodienoate reductase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.576 Å
データ登録者Han, B.W. / Malone, T.E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Fox, B.G. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana 12-oxophytodienoate reductase isoform 3 in complex with 8-iso prostaglandin A(1).
著者: Han, B.W. / Malone, T.E. / Kim, D.J. / Bingman, C.A. / Kim, H.J. / Fox, B.G. / Phillips, G.N.
履歴
登録2006年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
B: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0686
ポリマ－85,4822
非ポリマー1,5864
水1,946108
1
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5343
ポリマ－42,7411
非ポリマー7932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5343
ポリマ－42,7411
非ポリマー7932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.702, 86.608, 123.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細There are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B)

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要素

#1: タンパク質 12-oxophytodienoate reductase 3 / 12-oxophytodienoate- 10 / 11-reductase 3 / OPDA-reductase 3 / Delayed dehiscence 1 / AtOPR3


分子量: 42741.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g06050 / プラスミド: PVP 13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3) PLACI RARE / 参照: UniProt: Q9FUP0, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-8PG / (8S,12S)-15S-HYDROXY-9-OXOPROSTA-10Z,13E-DIEN-1-OIC ACID / 8-ISO PROSTAGLANDIN A1 (8-ISO PGA1) / 8-イソPGA1


分子量: 336.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.10 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TECP, 0.010 M MES, pH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (8.75-10.0% MEPEG 5000, 0.275-0.350 M GLYCINE, 0.10 ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.10 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TECP, 0.010 M MES, pH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (8.75-10.0% MEPEG 5000, 0.275-0.350 M GLYCINE, 0.10 M TRIETHANOLAMINE pH 8.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98244 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月10日
詳細: PAIR OF BIMORPH, RHODIUM COATED KIRKPATRICK-BAEZ MIRRORS
放射モノクロメーター: INDIRECT LIQUID NITROGEN COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH SI-111 CRYSTALS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 22750 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.58-2.673.90.3663.42313650.8350
2.67-2.784.30.33615690.86258.2
2.78-2.9150.317800.91564.9
2.91-3.065.50.25919790.97472.3
3.06-3.255.90.23422311.07981.3
3.25-3.56.10.20825371.04492
3.5-3.856.70.18227301.03798.9
3.85-4.4170.15127721.04899.7
4.41-5.567.10.13328111.01399.9
5.56-506.90.09529760.955100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q45

1q45


解像度: 2.576→48.834 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / WRfactor Rfree: 0.249 / WRfactor Rwork: 0.188 / SU B: 12.958 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.385 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 1125 4.955 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
all0.205 ---
obs0.20512 22704 81.884 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.822 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.003 Å20 Å20 Å2
2---4.135 Å20 Å2
3---7.138 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.576→48.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5623 0 110 108 5841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9771.9747961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0595725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.20623.473262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83915925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2391540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.22800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24003
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.55223706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07145782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50362488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.30182179
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.576-2.6430.403360.299270.294201747.744
2.643-2.7150.378520.32910290.331196854.929
2.715-2.7940.315540.29411080.295190361.061
2.794-2.8790.323810.2511220.255186364.573
2.879-2.9740.303640.23111790.235178969.48
2.974-3.0780.308710.22812450.232176274.688
3.078-3.1940.286670.21813010.221169680.66
3.194-3.3240.298720.20613410.211161587.492
3.324-3.4710.219680.21513980.215157293.257
3.471-3.640.305710.20814000.213150198.001
3.64-3.8370.267740.19313260.197140599.644
3.837-4.0690.271600.18413080.187137399.636
4.069-4.3490.22580.16512190.167128399.532
4.349-4.6960.229550.15711370.16119399.916
4.696-5.1410.228440.15610660.159111199.91
5.141-5.7450.21480.1829570.1831005100
5.745-6.6260.271500.1868580.19908100
6.626-8.0970.198440.1867220.187766100
8.097-11.3780.172350.1475890.148624100
11.378-70.8880.414210.3133470.31737398.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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