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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g50 | |||||||||
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タイトル | The location of the allosteric amino acid binding site of muscle pyruvate kinase. | |||||||||
要素 | Pyruvate kinase isozymes M1/M2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / allostery / pyruvate kinase / glycolysis / kinase / phosphoryl transfer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Holyoak, T. / Williams, R. / Fenton, A.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Differentiating a Ligand's Chemical Requirements for Allosteric Interactions from Those for Protein Binding. Phenylalanine Inhibition of Pyruvate Kinase. 著者: Williams, R. / Holyoak, T. / McDonald, G. / Gui, C. / Fenton, A.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g50.cif.gz | 934.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g50.ent.gz | 761 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2g50_validation.pdf.gz | 590.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2g50_full_validation.pdf.gz | 642.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2g50_validation.xml.gz | 194.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2g50_validation.cif.gz | 292.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g50 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 57970.789 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: muscle isozyme / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase |
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-非ポリマー , 9種, 4896分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-ALA / #6: 化合物 | ChemComp-PYR / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | ChemComp-ETE / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, and a range of 18 to 20% PEG 8000, 150 mM Alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月25日 詳細: Double crystal channel cut, Si(111), 1m long Rh coated toroidal mirror for vertical and horizontal focusing |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→100 Å / Num. all: 508417 / Num. obs: 508417 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / % possible obs: 60.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 33142 / Χ2: 0.941 / % possible all: 55.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: IF3W 解像度: 1.65→76.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.528 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.493 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.195 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→76.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.654→1.697 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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