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- PDB-2g50: The location of the allosteric amino acid binding site of muscle ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g50
タイトルThe location of the allosteric amino acid binding site of muscle pyruvate kinase.
要素Pyruvate kinase isozymes M1/M2
キーワードTRANSFERASE / allostery / pyruvate kinase / glycolysis / kinase / phosphoryl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / Chem-ETE / : / : / PYRUVIC ACID / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Holyoak, T. / Williams, R. / Fenton, A.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2006
タイトル: Differentiating a Ligand's Chemical Requirements for Allosteric Interactions from Those for Protein Binding. Phenylalanine Inhibition of Pyruvate Kinase.
著者: Williams, R. / Holyoak, T. / McDonald, G. / Gui, C. / Fenton, A.W.
履歴
登録2006年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
E: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
F: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
G: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
H: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,799110
ポリマ-463,7668
非ポリマー7,032102
86,3644794
1
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,22652
ポリマ-231,8834
非ポリマー3,34348
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26880 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area70370 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
F: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
G: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
H: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,57258
ポリマ-231,8834
非ポリマー3,68954
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27760 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area70960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.626, 109.014, 144.463
Angle α, β, γ (deg.)95.15, 93.45, 112.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Pyruvate kinase muscle isozyme


分子量: 57970.789 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: muscle isozyme / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 9種, 4896分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : K
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 化合物
ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C3H7NO2
#6: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C3H4O3
#7: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#8: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C9H20O5
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4794 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, and a range of 18 to 20% PEG 8000, 150 mM Alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月25日
詳細: Double crystal channel cut, Si(111), 1m long Rh coated toroidal mirror for vertical and horizontal focusing
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→100 Å / Num. all: 508417 / Num. obs: 508417 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / % possible obs: 60.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 33142 / Χ2: 0.941 / % possible all: 55.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IF3W

解像度: 1.65→76.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.528 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 25590 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
all0.149 508412 --
obs0.149 508412 92.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→76.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31708 0 422 4794 36924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02234026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.97445991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg554502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1823.8761463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.631156346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.83715275
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.25225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0225314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.217549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.223654
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.24045
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0850.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4911.521207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.918234378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.799312897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0054.511446
LS精密化 シェル解像度: 1.654→1.697 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1112 -
Rwork0.188 21346 -
obs-22458 55.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18322.4057-1.47936.4094-1.13263.5542-0.0344-0.0286-0.0422-0.19010.0028-0.19750.09090.23630.0317-0.02750.03050.01190.0327-0.0018-0.01624.687313.78054.88
20.6404-0.37750.270.3595-0.29440.63490.03560.03180.14-0.013-0.0175-0.0269-0.1594-0.0063-0.01810.06030.02910.0195-0.00980.00330.0554-14.392738.3737-9.7413
31.4042-0.4295-0.481.37870.13772.36-0.0192-0.0044-0.09770.10570.08640.28460.0245-0.2465-0.06730.03610.02780.0380.08660.05370.1637-45.352428.78743.7952
40.5988-0.12080.07920.5349-0.17170.67140.03810.03230.0322-0.0792-0.00480.0842-0.0257-0.0652-0.0333-0.00010.03090.0027-0.0042-0.00470.0092-20.754924.4185-6.0868
50.7353-0.2979-0.0830.72220.07110.6230.03010.11450.0634-0.1081-0.0142-0.0483-0.06010.0334-0.01590.03180.01580.01110.02690.0036-0.00070.705122.1367-18.9622
60.72630.0496-0.3110.5271-0.1230.8374-0.02720.0266-0.0369-0.09210.0266-0.09470.06710.13760.00060.03350.03190.02310.0431-0.03190.01622.4242-15.0848-23.0929
722.7205-7.618-0.666921.0592-1.87935.8338-0.44230.6704-1.1119-0.50830.6636-0.30242.2840.3737-0.22130.15360.0072-0.00430.1510.00030.154846.685-36.1505-2.4795
818.8392-5.59322.60959.7137-6.11883.90770.0463-0.718-1.01350.5502-0.1938-0.27490.05280.42540.14750.10230.03420.01440.0964-0.00470.089943.3574-27.94861.4611
97.0714-0.88860.589612.8537-1.82093.0692-0.0169-0.4699-0.68090.7431-0.1090.0910.2660.04180.12590.08190.02350.0110.12670.05440.094841.3383-29.17752.3816
100.5042-0.1914-0.04830.7132-0.04320.53610.0094-0.00270.0536-0.0864-0.0027-0.1214-0.0510.1235-0.0068-0.00710.00590.02880.0523-0.02150.01121.3444-4.6197-17.8618
110.42860.0403-0.19760.3336-0.15480.62930.0498-0.06980.08250.0262-0.02020.0485-0.0305-0.0397-0.0296-0.040.01670.0280.0212-0.02410.0342-19.418516.476525.1845
123.621-6.02531.712821.37532.38485.4986-0.1054-0.40670.49860.02210.25630.2173-0.4425-0.5257-0.15080.1554-0.00150.00040.1436-0.00210.1596-7.415352.310426.7227
132.8898-2.36372.133412.2429-0.75345.6356-0.12250.1150.5414-0.5836-0.0875-0.4144-0.93630.19780.210.2564-0.02680.02280.1253-0.02880.2258-2.088447.066222.7547
140.71220.09390.04820.22580.01650.81750.0178-0.11990.09470.0325-0.0277-0.0103-0.07790.1010.0098-0.0182-0.00590.00460.0243-0.03020.0098-4.596922.650425.9362
150.5036-0.1214-0.13870.66040.0260.4534-0.0176-0.0789-0.06090.0527-0.00710.05370.05560.02710.0247-0.03250.01650.01660.0245-0.0048-0.0029-14.59320.109124.5097
160.32010.1674-0.11021.34050.06190.4429-0.0243-0.0678-0.06540.13110.0205-0.01530.09020.10150.00380.01490.07760.00890.05130.01070.01529.5755-32.40896.574
171.421-0.3459-0.75071.8260.3441.80180.04060.124-0.0287-0.4032-0.0587-0.00940.1003-0.02680.01810.21260.0524-0.00470.04430.0010.05796.1158-45.2783-28.9791
180.48370.0319-0.0020.9068-0.04450.5671-0.04240.0011-0.0729-0.03540.04280.12510.0967-0.0033-0.00050.01020.04390.01640.0074-0.00040.03050.7984-33.3061-6.2847
192.20650.0186-0.76230.4057-0.01940.6210.04040.10310.0634-0.0261-0.00230.0705-0.01-0.0379-0.03810.00410.040.01830.016-0.0060.0243-5.4527-12.34077.0756
200.5427-0.2355-0.19971.08130.40140.7819-0.1014-0.1392-0.08040.22470.0520.11110.2150.06330.04940.05980.06420.04430.04420.02640.0154-2.7584-25.824220.2073
210.2971-0.18120.10121.4711-0.02960.4601-0.01280.0680.0513-0.13130.0157-0.1425-0.07420.0987-0.00290.0093-0.06920.0040.03930.00310.0411-31.771548.67158.9016
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310.8775-0.03860.42220.7353-0.20620.7609-0.0457-0.02470.03310.18440.004-0.2044-0.07850.11770.04170.0822-0.0327-0.08150.034-0.01750.0687-20.532131.397389.3146
3220.542512.0811-0.669216.6946-0.421511.2265-0.1894-0.17350.92641.23230.12010.1559-1.11970.08960.06930.1533-0.00670.00360.15030.00110.15584.88252.655169.1496
3320.0455.4329-2.348110.966-6.34073.70250.210.64390.6812-0.6889-0.2755-0.31560.21910.34270.06550.098-0.0040.00320.0921-0.00070.09331.780644.254664.8613
3410.55742.6419-0.188912.2931-1.87952.55750.0640.63540.5327-0.9474-0.10830.116-0.12690.08730.04430.0941-0.00810.0050.09240.03670.1023-0.06745.910863.4627
350.3519-0.01490.11210.7652-0.21770.5929-0.00650.0014-0.0160.1199-0.0132-0.20730.03780.13230.01970.0248-0.0083-0.06550.0507-0.01620.0699-20.886221.475584.2657
3652.9841-7.9939-21.236734.4164-11.840247.9537-0.30180.99460.3811-1.638-0.1816-1.46890.98050.98330.48340.0694-0.0002-0.00140.0701-0.00080.0694-28.8767-5.794961.3226
370.70620.4789-0.25410.7233-0.35620.63910.0414-0.0347-0.13040.0976-0.0407-0.06620.11910.0324-0.00070.0786-0.0212-0.034-0.01320.0060.0368-52.0402-16.731672.2381
381.68160.60310.73721.55690.19442.0847-0.04250.0710.1507-0.11640.10550.3771-0.0087-0.2213-0.0630.0534-0.0466-0.03010.07970.06850.1637-86.7476-12.941159.9036
390.57680.1454-0.12570.6948-0.17390.61350.0522-0.045-0.04170.1656-0.01270.07890.0185-0.0687-0.03950.0456-0.04040.004-0.00370.00220.0035-63.6556-7.998371.7807
400.72860.27990.21240.80550.2360.77110.0702-0.1286-0.09640.1954-0.004-0.10140.10930.0204-0.06620.0985-0.0247-0.050.02730.02010.0148-41.3517-5.500584.9474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A115 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4A224 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5A390 - 530
6X-RAY DIFFRACTION6B11 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7B129 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8B152 - 179
9X-RAY DIFFRACTION9B180 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10B219 - 530
11X-RAY DIFFRACTION11C12 - 123
12X-RAY DIFFRACTION12C129 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13C152 - 206
14X-RAY DIFFRACTION14C207 - 350
15X-RAY DIFFRACTION15C351 - 530
16X-RAY DIFFRACTION16D10 - 112
17X-RAY DIFFRACTION17D113 - 211
18X-RAY DIFFRACTION18D212 - 385
19X-RAY DIFFRACTION19D386 - 417
20X-RAY DIFFRACTION20D418 - 530
21X-RAY DIFFRACTION21E10 - 112
22X-RAY DIFFRACTION22E113 - 212
23X-RAY DIFFRACTION23E213 - 391
24X-RAY DIFFRACTION24E392 - 417
25X-RAY DIFFRACTION25E418 - 530
26X-RAY DIFFRACTION26F11 - 124
27X-RAY DIFFRACTION27F128 - 151
28X-RAY DIFFRACTION28F152 - 206
29X-RAY DIFFRACTION29F207 - 389
30X-RAY DIFFRACTION30F390 - 530
31X-RAY DIFFRACTION31G11 - 122
32X-RAY DIFFRACTION32G130 - 151
33X-RAY DIFFRACTION33G152 - 179
34X-RAY DIFFRACTION34G180 - 217
35X-RAY DIFFRACTION35G218 - 530
36X-RAY DIFFRACTION36H11 - 14
37X-RAY DIFFRACTION37H15 - 112
38X-RAY DIFFRACTION38H113 - 210
39X-RAY DIFFRACTION39H211 - 389
40X-RAY DIFFRACTION40H390 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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