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万見
- PDB-2g3s: RNA structure containing GU base pairs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g3s
タイトルRNA structure containing GU base pairs
要素5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / RNA crystal structure / tandem GU base pairs
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Jang, S.B. / Hung, L.W. / Jeong, M.S. / Holbrook, E.L. / Chen, X. / Turner, D.H. / Holbrook, S.R.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure at 1.5 angstroms resolution of an RNA octamer duplex containing tandem G.U basepairs
著者: Jang, S.B. / Hung, L.W. / Jeong, M.S. / Holbrook, E.L. / Chen, X. / Turner, D.H. / Holbrook, S.R.
履歴
登録2006年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
G: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
H: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
I: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
J: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,62412
ポリマ－25,57610
非ポリマー492
水11,043613
1
A: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1152
ポリマ－5,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1393
ポリマ－5,1152
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1393
ポリマ－5,1152
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
H: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1152
ポリマ－5,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'
J: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1152
ポリマ－5,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.332, 43.998, 54.971
Angle α, β, γ (deg.)112.10, 99.03, 89.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量: 2557.577 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 10% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium acetate11
2sodium cacodylate11
3MPD11
4H2O11
5magnesium acetate12
6sodium cacodylate12
7MPD12
8H2O1

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月30日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→19.95 Å / Num. all: 31611 / Num. obs: 30400 / % possible obs: 96.16 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.5→1.51 Å / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.499→19.95 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 1513 RANDOM
Rwork0.226 --
obs0.226 30400 -
all-31611 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1690 2 613 2305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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