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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g3p | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE N-TERMINAL TWO DOMAINS OF THE INFECTIVITY PROTEIN G3P OF FILAMENTOUS PHAGE FD | ||||||
![]() | INFECTIVITY PROTEIN G3P | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / INFECTION / FILAMENTOUS PHAGE / PILUS BINDING / BETA BARREL / CONFORMATIONAL CHANGE | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral extrusion / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell membrane / viral capsid / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holliger, P. / Williams, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the two N-terminal domains of g3p from filamentous phage fd at 1.9 A: evidence for conformational lability. 著者: Holliger, P. / Riechmann, L. / Williams, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 375.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.865487, -0.02829, -0.500131), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24575.518 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL 2-DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Inovirus / 生物種: Enterobacteria phage M13 / プラスミド: PUC119 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.947 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→13.8 Å / Num. obs: 81474 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 58927 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 343352 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→13 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.299 / Rfactor Rwork: 0.257 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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