PDB-2g3o: The 2.1A crystal structure of copGFP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g3o

タイトル

The 2.1A crystal structure of copGFP

要素

green fluorescent protein 2

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / beta-barrel / chromophore / GFP

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein 2

機能・相同性情報

生物種

Pontellina plumata (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wilmann, P.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The 2.1A crystal structure of copGFP, a representative member of the copepod clade within the green fluorescent protein superfamily
著者: Wilmann, P.G. / Battad, J. / Petersen, J. / Wilce, M.C.J. / Dove, S. / Devenish, R.J. / Prescott, M. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2006年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g3o.cif.gz	250.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g3o.ent.gz	200.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2om2-1 4xp3-d 3gp0-d 3ctq-d 5buj-d 4fv6-d 3bv2-d 4i59-3 3bv3-d 5t1q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: green fluorescent protein 2

B: green fluorescent protein 2

C: green fluorescent protein 2

D: green fluorescent protein 2

E: green fluorescent protein 2

F: green fluorescent protein 2

148 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: green fluorescent protein 2

B: green fluorescent protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: green fluorescent protein 2

E: green fluorescent protein 2

登録者が定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: green fluorescent protein 2

F: green fluorescent protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.954, 145.954, 53.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	D
3	1	E
4	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 219 / Label seq-ID: 2 - 217

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	C	C
2	D	D
3	E	E
4	F	F

#1: タンパク質	green fluorescent protein 2 分子量: 24663.840 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pontellina plumata (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WV12
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	GLY 57, TYR 58 AND GLY 59 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHORE (CR2 57).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Sodium Acetate, 0.15M Magnesium Sulphate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→35.714 Å / Num. all: 74759 / Num. obs: 74388 / % possible obs: 99.504 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.1→2.155 Å / % possible all: 98.5

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	14.99 Å
Translation	3.5 Å	14.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→35.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 14.668 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2716	3752	5 %	RANDOM
R_work	0.23042	-	-	-
all	0.233	74759	-	-
obs	0.2325	70636	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9623	0	0	214	9837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	1.94	13417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.403	5	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.782	22.451	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.42	15	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.739	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	6514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.375	1.5	6479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.544	2	9940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.983	3	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.293	4.5	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1541 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	C	medium positional	0.22	0.5
2	D	medium positional	0.24	0.5
3	E	medium positional	0.21	0.5
4	F	medium positional	0.24	0.5
1	C	medium thermal	0.31	2
2	D	medium thermal	0.35	2
3	E	medium thermal	0.29	2
4	F	medium thermal	0.31	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	273	-
R_work	0.288	5189	-
obs	-	5462	98.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0715	1.4029	0.856	5.899	1.2734	2.7995	-0.1003	-0.0833	-0.3761	0.4624	-0.1038	0.966	0.4155	-0.5503	0.2041	-0.1822	-0.0733	0.1507	-0.1129	-0.1622	0.0077	39.924	-48.415	-1.398
2	4.754	2.4494	1.148	6.1683	1.7694	2.9984	0.0302	0.0198	-0.0178	0.6465	-0.2111	0.6333	0.1881	-0.1501	0.1809	-0.2083	-0.0138	0.0986	-0.2373	-0.0802	-0.2463	47.593	-39.668	2.903
3	5.2076	0.8839	1.0869	4.9805	1.4455	2.1671	-0.4505	0.3339	1.0368	-0.3607	0.1987	0.2402	-0.534	0.2076	0.2518	-0.0891	-0.0513	-0.2128	-0.2223	0.0911	0.0434	65.102	-9.403	5.001
4	4.5293	2.3591	1.5303	6.1181	1.9467	2.8298	-0.4645	0.5078	0.595	-0.3332	0.2562	0.2771	-0.1983	0.1771	0.2082	-0.217	-0.0362	-0.1168	-0.1984	0.0599	-0.2128	59.983	-20.11	0.505
5	7.1131	-0.1984	0.8112	3.7227	-1.3585	3.1484	0.1926	0.3961	0.7329	-0.0818	-0.2629	-0.8513	-0.2969	0.7816	0.0703	-0.0513	-0.1335	0.0029	0.1365	0.1657	0.1259	22.155	-60.011	12.577
6	9.292	0.7147	2.5656	3.1544	-0.0321	2.9502	0.1362	0.4379	0.6139	-0.139	-0.2738	-0.3403	-0.2217	0.2464	0.1376	-0.0263	-0.0511	0.037	0.0018	0.0951	-0.15	10.946	-61.117	7.854
7	15.0671	2.9239	-2.8238	3.0787	-0.4336	1.6514	-0.2734	-0.6981	-1.3123	0.1581	-0.0471	-0.6418	0.0731	0.5526	0.3206	-0.2098	0.062	0.0593	-0.1133	0.1264	0.0653	27.057	-18.298	13.945
8	15.4129	2.9555	-4.3157	2.8761	-1.0112	2.8285	-0.0818	-1.0845	-1.4239	0.1886	-0.302	-0.5125	-0.0682	0.2758	0.3838	-0.2472	0.0156	0.0356	-0.1205	0.1423	-0.0559	16.2	-19.882	18.051
9	4.336	2.2256	1.62	6.4844	-2.2696	2.4054	-0.2874	0.5278	0.4625	0.7372	0.1582	-1.1998	-0.2418	0.5883	0.1293	-0.0312	-0.1284	-0.2247	0.1273	0.0364	0.1514	31.415	-75.06	24.481
10	3.7964	1.8615	-0.2129	8.129	-1.7143	2.3098	-0.0599	0.0259	0.0399	0.8855	-0.0253	-0.8994	-0.0678	0.2849	0.0852	0.0006	-0.0452	-0.178	0.0144	0.0263	-0.1167	25.773	-84.396	28.658
11	13.9256	3.5107	-3.2633	3.477	-0.2461	0.893	-0.472	0.7403	-1.0883	-0.337	0.1621	-0.1366	0.2219	-0.4734	0.3099	-0.1781	-0.0758	0.0972	-0.0785	-0.1223	-0.0409	-17.671	-27.553	19.531
12	15.7482	2.9771	-4.6126	2.7868	-0.6948	2.3931	-0.5499	1.3144	-1.4317	-0.2671	0.152	-0.1361	0.1258	-0.321	0.3979	-0.2215	-0.0471	0.075	-0.0919	-0.1386	-0.0645	-7.052	-24.692	15.534

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 56	3 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	60 - 218	58 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	3 - 56	3 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	60 - 219	58 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	2 - 56	2 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	60 - 219	58 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	2 - 56	2 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	60 - 219	58 - 217
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	2 - 56	2 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	60 - 219	58 - 217
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	2 - 56	2 - 56
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	60 - 219	58 - 217

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万見 (Yorodumi)