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- PDB-2g3h: Cyanide Binding and Heme Cavity Conformational Transitions in Dro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g3h
タイトルCyanide Binding and Heme Cavity Conformational Transitions in Drosophila melanogaster Hexa-coordinate Hemoglobin
要素globin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Drosophila melanogaster hemoglobin structure / hexa-coordinate hemoglobin / cyanide binding to hemoglobin / heme distal site structure / fruit fly hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


lactoperoxidase activity / oxygen transport / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / GEO09476p1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者de Sanctis, D. / Ascenzi, P. / Bocedi, A. / Dewilde, S. / Burmester, T. / Hankeln, T. / Moens, L. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Cyanide binding and heme cavity conformational transitions in Drosophila melanogaster hexacoordinate hemoglobin.
著者: de Sanctis, D. / Ascenzi, P. / Bocedi, A. / Dewilde, S. / Burmester, T. / Hankeln, T. / Moens, L. / Bolognesi, M.
履歴
登録2006年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月18日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8306
ポリマ－17,0921
非ポリマー7385
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.314, 33.712, 56.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the monomer in the asimmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 globin


分子量: 17092.268 Da / 分子数: 1 / 変異: S121C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: glob1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 24647276, UniProt: Q9VF15*PLUS

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非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 10
詳細: 34% PEG 4K, 0.2M magnesium chloride, 0.05M CAPS, pH 10, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→35.53 Å / Num. obs: 32118 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.789 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18776 1622 5.1 %RANDOM
Rwork0.15394 ---
obs0.15568 30438 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 88 786 3493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5042.0531930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01232261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5695176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97324.75461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.70515235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.806158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4490.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5091.51098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6951.5335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79221379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8483656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7634.5547
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.69431754
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.6173261
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.91631361
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 116 -
Rwork0.179 2216 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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