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- PDB-2g3f: Crystal Structure of imidazolonepropionase complexed with imidazo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g3f
タイトルCrystal Structure of imidazolonepropionase complexed with imidazole-4-acetic acid sodium salt, a substrate homologue
要素Imidazolonepropionase
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazolonepropionase / imidazolonepropionase activity / L-histidine catabolic process / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / iron ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Imidazolonepropionase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...Imidazolonepropionase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2H-IMIDAZOL-4-YLACETIC ACID / Imidazolonepropionase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yu, Y. / Liang, Y.H. / Su, X.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: A catalytic mechanism revealed by the crystal structures of the imidazolonepropionase from Bacillus subtilis
著者: Yu, Y. / Liang, Y.H. / Brostromer, E. / Quan, J.M. / Panjikar, S. / Dong, Y.H. / Su, X.D.
履歴
登録2006年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Imidazolonepropionase
B: Imidazolonepropionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6156
ポリマ－91,2322
非ポリマー3834
水7,296405
1
A: Imidazolonepropionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8073
ポリマ－45,6161
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Imidazolonepropionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8073
ポリマ－45,6161
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Imidazolonepropionase
ヘテロ分子

B: Imidazolonepropionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6156
ポリマ－91,2322
非ポリマー3834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area4790 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.530, 106.080, 66.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Imidazolonepropionase / Imidazolone-5-propionate hydrolase


分子量: 45615.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: hutI / プラスミド: pET-21-DEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42084, imidazolonepropionase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-IZC / 2H-IMIDAZOL-4-YLACETIC ACID / IMIDAZOLE-4-ACETIC ACID


分子量: 126.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20%(w/v) PEG4000, 0.1M Tris-HCl pH7.5, 0.05M Imidazoli-4-acetic acid sodium salt, 2%(w/v) benzamidine hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年1月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 53567 / Num. obs: 52978 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BB0

2bb0


解像度: 2→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 17156.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2060 4 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.19 53663 --
obs0.187 50914 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4748 Å2 / ksol: 0.357525 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å21.28 Å2
2--2.23 Å20 Å2
3----1.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6312 0 20 405 6737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 320 4.1 %
Rwork0.21 7534 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramiaa.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4iaa.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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