PDB-2g39: Crystal structure of coenzyme A transferase from Pseudomonas aeru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g39

タイトル

Crystal structure of coenzyme A transferase from Pseudomonas aeruginosa

要素

Acetyl-CoA hydrolase

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / coenzyme A transferase / Pseudomonas aeruginosa / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

propionyl-CoA:succinate CoA-transferase activity / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of coenzyme A transferase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g39.cif.gz	213 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g39.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g39_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g39_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	2g39_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	2g39_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dw6-d 6uxh-d 3kf5-d 4eu4-d 4eub-d 4eu5-d 4euc-d 5dw5-d 4eud-d 4eua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5751

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA hydrolase

B: Acetyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.356, 69.806, 113.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1023- HOH

#1: タンパク質	Acetyl-CoA hydrolase 分子量: 54731.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HTC2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 4M Ammonium Acetate, 0.1M NaAcetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 79918 / Num. obs: 79199 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique all: 7640 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.732 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20356	3981	5 %	RANDOM
R_work	0.16242	-	-	-
all	0.16449	75128	-	-
obs	0.16242	75128	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.171 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7523	0	36	796	8355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7740
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.971	10504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.594	5	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.016	23.846	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.341	15	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.986	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.274	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.136	1.5	5129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.305	2	8005
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.864	3	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.156	4.5	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	273	-
R_work	0.193	5276	-
obs	-	-	95.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1854	-0.0619	0.1518	0.3632	-0.1789	0.7387	0.0163	-0.1888	-0.0735	0.0603	-0.0457	0.0232	0.0637	-0.157	0.0294	-0.0029	-0.0092	-0.0042	0.077	0.0165	-0.0616	50.579	10.114	55.429
2	0.1042	0.0446	-0.3504	0.1331	0.0448	1.5109	-0.0526	-0.1775	0.1215	0.0701	-0.0453	-0.126	-0.208	0.342	0.0979	0.0036	-0.0395	-0.0675	0.1027	0.0044	0.0381	70.063	23.928	46.175
3	0.8523	-0.3213	0.1417	0.821	0.0842	0.5449	0.0286	-0.0021	-0.1297	-0.012	-0.0498	-0.0971	0.1371	0.0801	0.0212	-0.0111	0.0295	0.01	0.0097	0.0114	0.0103	71.235	7.96	26.417
4	0.4994	-0.0757	0.4657	0.7261	-0.2347	1.2475	-0.1647	0.1195	0.1655	-0.1083	-0.0489	-0.1194	-0.2112	0.2164	0.2137	0.0736	-0.0354	-0.0604	-0.0558	0.0325	-0.0077	54.209	34.252	11.495
5	0.5032	-0.1504	0.1204	0.8569	-0.4976	0.4027	0.0023	-0.0496	-0.0567	-0.1215	0.0627	0.1441	-0.0148	-0.3487	-0.0651	0.0319	-0.0118	-0.0398	0.0987	-0.0298	-0.0061	35.105	19.777	20.5
6	0.9374	-0.3343	0.4557	0.7944	0.1161	0.76	0.0822	0.0925	-0.1221	-0.1622	-0.0207	-0.0637	0.1257	0.0139	-0.0615	0.0471	-0.0071	-0.0136	-0.0447	-0.024	0.0028	51.407	0.329	22.131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 222	5 - 222
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	223 - 352	223 - 352
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	353 - 497	353 - 497
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	5 - 222	5 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	223 - 352	223 - 352
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	353 - 497	353 - 497

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