[日本語] English
万見
- PDB-2g36: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.2) (T... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g36
タイトルCrystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.2) (Tryptophan-tRNA ligase)(TrpRS) (tm0492) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.50 A resolution
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / tm0492 / Tryptophanyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.2) (Tryptophan-tRNA ligase)(TrpRS) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / TRYPTOPHAN / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase containing an iron-sulfur cluster.
著者: Han, G.W. / Yang, X.L. / McMullan, D. / Chong, Y.E. / Krishna, S.S. / Rife, C.L. / Weekes, D. / Brittain, S.M. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / ...著者: Han, G.W. / Yang, X.L. / McMullan, D. / Chong, Y.E. / Krishna, S.S. / Rife, C.L. / Weekes, D. / Brittain, S.M. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Caruthers, J. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kumar, A. / Marciano, D. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Paulsen, J. / Reyes, R. / van den Bedem, H. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Elsliger, M.A. / Schimmel, P. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8403
ポリマ－39,2841
非ポリマー5562
水1,00956
1
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6806
ポリマ－78,5682
非ポリマー1,1124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area27620 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.890, 152.730, 53.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

-
要素

#1: タンパク質 Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan-tRNA ligase / TrpRS


分子量: 39284.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: trpS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYW2, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.5
詳細: 12.5% PEG-3000, 0.25M MgCl2, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.64 Å / Num. obs: 17636 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 1.93 % / Biso Wilson estimate: 49.406 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.5-2.5982.41.860.472.15268277397.9
2.59-2.6985.60.432.354612750
2.69-2.81860.357356062829
2.81-2.9687.20.2883.759102982
2.96-3.1590.80.2144.860883106
3.15-3.3993.70.129760523099
3.39-3.7396.60.07510.562983224
3.73-4.2698.40.04814.563353264
4.26-29.6497.60.0416.763913262

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1yi8B

解像度: 2.5→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 19.016 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) IN THE ACTIVE SITE, L-TRYPTOPHAN WAS MODELLED BASED ON ELECTRON DENSITY. (3) A [4FE-4S] IS COORDINATED TO THE SIDE CHAINS OF CYS ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) IN THE ACTIVE SITE, L-TRYPTOPHAN WAS MODELLED BASED ON ELECTRON DENSITY. (3) A [4FE-4S] IS COORDINATED TO THE SIDE CHAINS OF CYS 236,259,266 AND 269. BASED ON ELECTRON DENSITY AND ITS GEOMETRY, IRON SULFUR CLUSTER IS VERY CONCLUSIVE. X-RAY FLUORESCENCE EXPERIMENTS CONFIRMED THE PRESENCE OF IRON. (4) THE RESIDUES OF A113 TO A119 WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 894 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.197 ---
obs0.19724 17623 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2547 0 23 56 2626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9663601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0123.0024395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2565324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22423.305118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76915457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.21876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2820.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.170.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.70431703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3283650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75152621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.90381140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.68111967
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 61 -
Rwork0.327 1213 -
obs-1274 98.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81350.91940.17714.2673-0.09981.4552-0.0069-0.1954-0.33730.06550.0903-0.09940.15390.1612-0.0834-0.23190.0687-0.0166-0.1924-0.0084-0.140117.159760.03522.6301
20.2449-0.5585-0.05143.645-0.44070.142-0.0542-0.0888-0.02690.33910.0589-0.19490.12180.1664-0.0047-0.07960.0387-0.089-0.01580.0029-0.173124.483663.42649.4529
30.663-1.3631-0.08954.28010.31350.5379-0.0348-0.0275-0.2607-0.11060.13710.46350.23720.12-0.10230.09850.0292-0.01990.0390.03290.023619.004841.44771.74
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11A0 - 11212 - 124
22A120 - 196132 - 208
33A - B197 - 400209

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る