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- PDB-2g34: Human hepatitis B virus T=4 capsid strain adyw complexed with ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g34
タイトルHuman hepatitis B virus T=4 capsid strain adyw complexed with assembly effector HAP1
要素Core antigen
キーワードVIRUS / capsid / hepadnavirus / four-helix bundle / icosahedral / assembly misdirector / assembly activator
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus subtype (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.053 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Zlotnick, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Global Structural Changes in Hepatitis B Virus Capsids Induced by the Assembly Effector HAP1.
著者: Bourne, C.R. / Finn, M.G. / Zlotnick, A.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1644
ポリマ－67,1644
非ポリマー00
水00
1
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,029,865240
ポリマ－4,029,865240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 336 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,82220
ポリマ－335,82220
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 403 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,98624
ポリマ－402,98624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.03 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,029,865240
ポリマ－4,029,865240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)528.530, 366.470, 540.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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51generate(-0.660911, -0.560825, -0.498371), (0.565532, -0.809033, 0.160366), (-0.493387, -0.176176, 0.85191)227.376413, -76.183265, 67.549936
52generate(-0.737513, -0.36731, -0.566457), (-0.367656, -0.485524, 0.793412), (-0.566737, 0.793058, 0.223037)243.792958, -68.508076, 157.392986
53generate(-0.611607, -0.299204, -0.732222), (-0.737085, 0.552114, 0.39001), (0.287383, 0.778126, -0.558541)253.324066, 20.53254, 176.953359
54generate(-0.457191, -0.450628, -0.766585), (-0.032216, 0.869898, -0.492353), (0.888607, -0.200339, -0.412706)242.798023, 67.887698, 99.198857
55generate(0.174645, -0.938749, -0.296857), (0.153825, -0.271906, 0.950062), (-0.972417, -0.21179, 0.097261)119.463929, -139.921338, 213.467059
56generate(-0.611854, -0.736878, 0.287576), (-0.299609, 0.552036, 0.778242), (-0.732213, 0.389921, -0.558215)119.239792, -73.148967, 276.258854
57generate(-0.989447, 0.144888, 0.003826), (0.144788, 0.988054, 0.052488), (0.003845, 0.052798, -0.998606)193.341777, -21.010158, 262.456014
58generate(-0.436315, 0.487978, -0.755976), (0.872875, 0.433588, -0.224233), (0.218547, -0.757265, -0.615307)239.36378, -55.559021, 191.133915
59generate(0.283133, -0.181747, -0.941809), (0.878461, -0.34511, 0.330499), (-0.384817, -0.920789, 0.061977)193.704825, -129.050186, 160.857057
60generate(0.425542, 0.756031, -0.497476), (0.756169, -0.598969, -0.263883), (-0.496964, -0.263563, -0.826573)121.391039, -38.967623, 288.631403

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要素

#1: タンパク質
Core antigen


分子量: 16791.104 Da / 分子数: 4 / 断片: Assembly domain residues 1 to 149 / 変異: C48A, C61A, C107A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype (ウイルス)
属: Orthohepadnavirus / 生物種: Hepatitis B virus / 株: adyw / 遺伝子: C / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold / 参照: UniProt: P03147

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.1 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 5000 MME, butanediol, KCl, NaCl, bicarbonate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→25 Å / Num. all: 411133 / Num. obs: 407824 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 5→5.09 Å / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 17315 / Χ2: 1.13 / % possible all: 87.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.465 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.746
最高解像度最低解像度
Translation3 Å25.03 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 2G33

2g33


解像度: 5.053→25.031 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refinement was limited to positional refinement and grouped B-factor refinement. This was alternated with 60-fold NCS averaging with RAVE. Putative density for the small molecule HAP1 was ...詳細: Refinement was limited to positional refinement and grouped B-factor refinement. This was alternated with 60-fold NCS averaging with RAVE. Putative density for the small molecule HAP1 was identified close to C102, but was not modelled into the density and is not included in the deposition.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.365 ---
Rfree-5175 1.3 %Reflections were selected in thin shells; however, 60-fold NCS results in R-free being not applicable.
all-411133 --
obs-397911 96.8 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 135.195 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.27 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 2.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.053→25.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4622 0 0 0 4622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
5.05-5.280.5076900.4874335044040
5.28-5.560.5173450.4654754247887
5.56-5.90.486900.4534881849508
5.9-6.350.4586900.4385009050780
6.35-6.980.4196900.4195049251182
6.98-7.960.3886900.3925066251352
7.96-9.920.2966900.3145074751437
9.92-25.030.2856900.2865103551725
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2DRGCNS.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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