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- PDB-2g2p: Crystal Structure of E.coli transthyretin-related protein with bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g2p
タイトルCrystal Structure of E.coli transthyretin-related protein with bound Zn and Br
要素Transthyretin-like protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Transthyretin / Transthyretin-related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / purine nucleobase metabolic process / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily ...Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 5-hydroxyisourate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lundberg, E. / Backstrom, S. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: The transthyretin-related protein: structural investigation of a novel protein family
著者: Lundberg, E. / Backstrom, S. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2006年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin-like protein
B: Transthyretin-like protein
C: Transthyretin-like protein
D: Transthyretin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,89928
ポリマ－52,1184
非ポリマー1,78124
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10450 Å2
ΔGint-663 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.720, 92.030, 57.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains one biological tetramer

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要素

#1: タンパク質
Transthyretin-like protein / Transthyretin-related protein


分子量: 13029.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76341
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 550 MME, 100mM MES, 10mM ZnSO4 (Crystal soaked in crystallization buffer enriched with 100mM NaBr for 12h prior to data collection), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8033 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日
放射モノクロメーター: Triangular Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 25512 / Num. obs: 25512 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F41

1f41


解像度: 2.1→17.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.024 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22903 1300 5.1 %RANDOM
Rwork0.17482 ---
all0.17752 24310 --
obs0.17752 24310 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.04 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3618 0 44 178 3840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9345116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76837595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7315448
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.23751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1780.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5161.52236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94123633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75931529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5834.51483
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.158 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 91
Rwork0.208 1750
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.71430.01181.76163.0991-0.9433.5797-0.25890.22330.5295-0.1938-0.01080.0219-0.5140.10910.26970.0983-0.042-0.01910.09240.05590.105530.0747-43.15931.3256
22.1840.0082-1.39612.24671.04615.0776-0.1230.1738-0.2371-0.1632-0.06470.08610.3862-0.24490.18770.0209-0.04990.010.1192-0.0210.092321.9756-61.161131.6046
34.74160.8522.12573.04710.36174.6649-0.3179-0.20280.44160.2576-0.0734-0.0768-0.8760.04950.39130.26370.0057-0.07160.0349-0.02940.091530.1147-44.099757.7069
42.48860.4317-2.02882.8212-1.35696.0043-0.1149-0.1087-0.24760.0108-0.11540.00010.37010.19750.23030.0460.01630.02690.02850.01190.07931.9528-63.767855.8517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1144 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1144 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 1143 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4DD3 - 1143 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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