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- PDB-2g2d: Crystal structure of a putative pduO-type ATP:cobalamin adenosylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g2d
タイトルCrystal structure of a putative pduO-type ATP:cobalamin adenosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
要素ATP:cobalamin adenosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / helix bundle / trimer / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Corrinoid adenosyltransferase / Corrinoid adenosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Moon, J.H. / Kaviratne, A. / Yu, M. / Bursey, E.H. / Hung, L.-W. / Lekin, T.P. / Segelke, B.W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative pduO-type ATP:cobalamin adenosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Moon, J.H. / Kaviratne, A. / Yu, M. / Bursey, E.H. / Hung, L.-W. / Lekin, T.P. / Segelke, B.W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y.
履歴
登録2006年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP:cobalamin adenosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7181
ポリマ－20,7181
非ポリマー00
水1,42379
1
A: ATP:cobalamin adenosyltransferase

A: ATP:cobalamin adenosyltransferase

A: ATP:cobalamin adenosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1553
ポリマ－62,1553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area5160 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.318, 131.318, 131.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
詳細The biological assembly is a trimer generated by the operations: z, y, x and y, z, x.

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要素

#1: タンパク質 ATP:cobalamin adenosyltransferase


分子量: 20718.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: pET-28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P64803, UniProt: P9WP99*PLUS, corrinoid adenosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 1.6M Ammonium Sulfate, 10% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
シンクロトロンALS 5.0.220.91970, 0.91989, 0.8984
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年8月4日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年8月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 Double CrystalMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.91971
30.919891
40.89841
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 13272 / Num. obs: 13238 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 5552242.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 673 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.213 13238 --
obs0.194 13238 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.7764 Å2 / ksol: 0.356097 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1209 0 0 79 1288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 103 5 %
Rwork0.22 1953 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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