PDB-2g0i: Crystal structure of SMU.848 from Streptococcus mutans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g0i

タイトル

Crystal structure of SMU.848 from Streptococcus mutans

要素

hypothetical protein SMU.848

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / 2-layer (alpha-beta)-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / ribosome biogenesis / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hou, H.-F. / Gao, Z.-Q. / Li, L.-F. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D. / Dong, Y.-H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of SMU.848 from Streptococcus mutans
著者: Hou, H.-F. / Gao, Z.-Q. / Xu, J.-H. / Xu, R. / Li, L.-Q. / Li, L.-F. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D. / Liu, P. / Xian, D.-C. / Dong, Y.-H.

履歴

登録	2006年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g0i.cif.gz	64.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g0i.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g0i_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g0i_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	2g0i_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	2g0i_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g0jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6chx-1 3npx-2 4wr5-d 3d24-3 1m99-d 1jcj-1 3w8s-d 6y73-1 4wr4-d 6hqu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein SMU.848

B: hypothetical protein SMU.848

ヘテロ分子

32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.617, 60.995, 85.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The asymmetric unit contains a biological dimer.

#1: タンパク質	hypothetical protein SMU.848 分子量: 15942.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) プラスミド: Pet28(a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DUQ5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.16 % / 解説: the file contains Friedel pairs
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-NaOH, PH7.5, 0.6%PEG400, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	BSRF	3W1A	1	0.9797, 0.9799, 1.0
シンクロトロン	BSRF	3W1A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2005年3月5日
MARRESEARCH	2	CCD	2005年3月10日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111) double-crystal	MAD	M	x-ray	1
2	Si(111) double-crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9797	1
2	0.9799	1
3	1	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
6.4	1	4.6	70863	0.118	0.68	2.3	11158	99.9
6.2	2	4.3	78222	0.119	0.59	2.2	12680	99.9
6.1	3	7.3	67525	0.094	0.92	2.3	11145	99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	50	1224	99.8	1	0.076	1.424	6.5
3.93	4.95	1140	100	1	0.066	1.001	7
3.44	3.93	1123	100	1	0.076	0.791	6.8
3.12	3.44	1116	100	1	0.104	0.596	6.5
2.9	3.12	1101	99.9	1	0.179	0.521	6.3
2.73	2.9	1085	99.9	1	0.236	0.516	6.2
2.59	2.73	1103	99.9	1	0.251	0.444	6.1
2.48	2.59	1087	100	1	0.32	0.476	6
2.38	2.48	1096	99.8	1	0.413	0.377	6.1
2.3	2.38	1083	99.8	1	0.458	0.409	6
4.74	50	1382	99.8	2	0.055	1.021	6.7
3.76	4.74	1304	100	2	0.055	0.725	7
3.29	3.76	1275	100	2	0.073	0.553	6.8
2.99	3.29	1270	99.9	2	0.126	0.463	6.4
2.77	2.99	1243	99.9	2	0.208	0.434	6
2.61	2.77	1259	99.7	2	0.252	0.444	5.8
2.48	2.61	1223	99.7	2	0.323	0.488	5.7
2.37	2.48	1249	99.8	2	0.426	0.471	5.7
2.28	2.37	1246	99.8	2	0.512	0.544	5.7
2.2	2.28	1229	99.9	2	0.593	0.559	5.7
4.95	50	1224	99.8	3	0.045	1.134	6.6
3.93	4.95	1137	100	3	0.04	0.965	7
3.44	3.93	1124	100	3	0.057	0.892	6.6
3.12	3.44	1113	99.9	3	0.089	0.901	6.2
2.9	3.12	1100	99.6	3	0.156	0.865	6
2.73	2.9	1079	99.4	3	0.209	0.843	5.7
2.59	2.73	1102	100	3	0.247	0.918	5.6
2.48	2.59	1085	99.9	3	0.306	0.878	5.6
2.38	2.48	1097	99.7	3	0.426	0.897	5.6
2.3	2.38	1084	99.9	3	0.47	0.868	5.6

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 21432 / Num. obs: 21004 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 100 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 0.861 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度: 1.85→1.92 Å / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.479 / Num. unique obs: 2051 / Χ²: 0.786 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9797	4.92	-7.69
1	3 wavelength	2	1	0.52	-3.38
1	3 wavelength	3	0.9799	2.97	-9.19

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	40.1	0.706	0.083	0.22	1.229
2	Se	12.661	0.604	0.102	0.191	0.907
3	Se	58.872	0.805	0.704	0.197	1.316
4	Se	1	0.891	0.693	0.18	0.416
5	Se	1	0.902	0.74	0.205	0.713
6	Se	44.411	0.603	0.027	0.211	1.118

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.65 / 反射: 11435 / Reflection acentric: 9887 / Reflection centric: 1548

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-42.401	0.8	0.82	0.76	604	394	210
3.9-6.3	0.82	0.83	0.78	1699	1360	339
3.1-3.9	0.77	0.78	0.71	2088	1779	309
2.8-3.1	0.61	0.61	0.6	1972	1738	234
2.4-2.8	0.49	0.48	0.53	3283	2961	322
2.2-2.4	0.35	0.35	0.35	1789	1655	134

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MAR345		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→49.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.267 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: the file contains Friedel pairs. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	2100	9.9 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.213	21432	-	-
obs	0.213	21004	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1703	0	2	179	1884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.983	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.474	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.309	26.338	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.05	15	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.324	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.211	3	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.91	3	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.188	2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.331	4	559

LS精密化シェル

解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	155	-
R_work	0.256	1364	-
obs	-	1519	98.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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