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- PDB-2fz6: Crystal structure of hydrophobin HFBI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fz6
タイトルCrystal structure of hydrophobin HFBI
要素Hydrophobin-1
キーワードSURFACE ACTIVE PROTEIN / hydrophobin / beta barrel / pseudo-merohedral twinning / amphiphile
機能・相同性Cerato-ulmin hydrophobin family / Fungal hydrophobin / hfbii hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobin superfamily / Alpha-Beta Barrel / extracellular region / Alpha Beta / Hydrophobin-1
機能・相同性情報
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hakanpaa, J.M. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Two crystal structures of Trichoderma reesei hydrophobin HFBI--The structure of a protein amphiphile with and without detergent interaction.
著者: Hakanpaa, J.M. / Szilvay, G.R. / Kaljunen, H. / Maksimainen, M. / Linder, M. / Rouvinen, J.
履歴
登録2006年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin-1
B: Hydrophobin-1
C: Hydrophobin-1
D: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4368
ポリマ－30,1744
非ポリマー2624
水1,946108
1
A: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6743
ポリマ－7,5441
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6092
ポリマ－7,5441
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6092
ポリマ－7,5441
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hydrophobin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5441
ポリマ－7,5441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Hydrophobin-1
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-1
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
D: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
D: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,87216
ポリマ－60,3498
非ポリマー5238
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_666-x+1,y+1,-z+11
Buried area6320 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
6
A: Hydrophobin-1
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
D: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4368
ポリマ－30,1744
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
7
A: Hydrophobin-1
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
D: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4368
ポリマ－30,1744
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_666-x+1,y+1,-z+11
Buried area2130 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
8


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
9
A: Hydrophobin-1
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2835
ポリマ－15,0872
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
10
C: Hydrophobin-1
D: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1533
ポリマ－15,0872
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
11
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

D: Hydrophobin-1

D: Hydrophobin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3056
ポリマ－30,1744
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_666-x+1,y+1,-z+11
Buried area3240 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
12
A: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2835
ポリマ－15,0872
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
13
A: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

C: Hydrophobin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,56710
ポリマ－30,1744
非ポリマー3926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
14
B: Hydrophobin-1
ヘテロ分子

D: Hydrophobin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1533
ポリマ－15,0872
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_666-x+1,y+1,-z+11
Buried area590 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.900, 49.600, 85.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer formed by the molecules in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Hydrophobin-1 / Hydrophobin I / HFBI


分子量: 7543.619 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hypocrea jecorina (菌類) / 参照: UniProt: P52754
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M zinc sulphate, 0.1M sodium cacodylate pH6.5, 9mM OSG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.843 / 波長: 0.843 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月18日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 20790 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 6.42 / Num. unique all: 4909 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R2M

1r2m


解像度: 2.1→10 Å / Num. parameters: 8340 / Num. restraintsaints: 8322 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Pseudo-merohedral twinning. The twin law is -h, -k, h+l. The twin operator used in the Shelxl-refinement was TWIN -1 0 0 0 -1 0 1 0 1. The BASF-value refined to 0.49, so the twin fraction is 0.49.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2756 1040 5.3 %RANDOM
all0.2238 19747 --
obs0.2239 19747 94.7 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2084
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 0 4 108 2084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0273
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.119
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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