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万見
- PDB-2fz5: Solution structure of two-electron reduced Megasphaera elsdenii f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fz5
タイトルSolution structure of two-electron reduced Megasphaera elsdenii flavodoxin
要素Flavodoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / alpha/beta doubly-wound topology / non-covalently bound FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Megasphaera elsdenii (バクテリア)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
データ登録者van Mierlo, C.P.M. / Lijnzaad, P. / Vervoort, J. / Mueller, F. / Berendsen, H.J. / de Vlieg, J.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: Tertiary structure of two-electron reduced Megasphaera elsdenii flavodoxin and some implications, as determined by two-dimensional 1H NMR and restrained molecular dynamics
著者: van Mierlo, C.P.M. / Lijnzaad, P. / Vervoort, J. / Mueller, F. / Berendsen, H.J. / de Vlieg, J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: Secondary and tertiary structure characteristics of Megasphaera elsdenii flavodoxin in the reduced state as determined by two-dimensional 1H NMR
著者: van Mierlo, C.P.M. / Mueller, F. / Vervoort, J.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: A two-dimensional 1H NMR study on Megasphaera elsdenii flavodoxin in the reduced state: sequential assignments
著者: van Mierlo, C.P.M. / Vervoort, J. / Mueller, F. / Bacher, A.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: A two-dimensional 1H NMR study on Megasphaera elsdenii flavodoxin in the oxidized state and some comparisons with the two-electron reduced state
著者: van Mierlo, C.P.M. / van der Sanden, B.P. / van Woensel, P. / Mueller, F. / Vervoort, J.
履歴
登録2006年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0202
ポリマ－14,5611
非ポリマー4581
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 3000
代表モデルモデル #1averaging the restrained molecular dynamics trajectory in the range 60-120 ps.

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要素

#1: タンパク質 Flavodoxin


分子量: 14561.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Megasphaera elsdenii (バクテリア) / 参照: UniProt: P00321
#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121double quantum filtered COSY
131NOESY (mixing 200ms)
144NOESY (mixing 50, 100, 150 ms)
151Double Quantum spectra
161Homonuclear Hartmann Hahn transfer spectra
NMR実験の詳細Text: NOESY spectra had mixing times 50, 100, 150 and 200 ms. Double Quantum spectra had a delay of 32 ms. Homonuclear Hartmann Hahn transfer spectra (using MLEV-17 composite pulse cycling) had mixing times 10-160 ms

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
16-10 mM protein, potassium phosphate/potassium pyrophosphate 75-200 mM, pH 8.3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
26-10 mM protein, potassium phosphate/potassium pyrophosphate 75-200 mM, pH 8.3, 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態
Conditions-IDpH温度 (K)
18.3 303 K
28.3 306 K
38.3 310 K
48.3 314 K
58.3 316 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker WMBrukerWM5001
Bruker AMBrukerAM5002
Bruker AMBrukerAM6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
DISNMRBrukercollection
GROMOSvan Gunsteren and Berendsen構造決定
GROMOSvan Gunsteren and Berendsen精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The Xray structure of the semiquinone state of Clostridium MP flavodoxin was used as a starting structure for restrained molecular dynamics (RMD) calculations in vacuo (van Mierlo et al. Eur. ...詳細: The Xray structure of the semiquinone state of Clostridium MP flavodoxin was used as a starting structure for restrained molecular dynamics (RMD) calculations in vacuo (van Mierlo et al. Eur. J. Biochem. 194, 185 - 198 (1990)). 509 distance restraints, 293 medium, 216 long-range were used in refinement. One repulsive restraint, between N5H of FMN and NH of E60 was included. RMD run was of 120 ps. During the first 50 ps the force constant was gradually increased to a high value of 4000 kJmol-1nm-2. From 50 ps on, the force constant was kept constant. The time span of 60-120 ps, at a time resolution of 0.02 ps, was used for calculating the average structure. The time-averaged (not energy minimised) structure has a potential energy -2278 +/- 122 kJmol-1, time-averaged sum of all violations is 2.27 nm, largest occuring violation is 66 pm
代表構造選択基準: averaging the restrained molecular dynamics trajectory in the range 60-120 ps.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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