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- PDB-2fz4: Crystal Structure of the N-terminal half of Archaeoglobus Fulgidus XPB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fz4
タイトルCrystal Structure of the N-terminal half of Archaeoglobus Fulgidus XPB
要素DNA repair protein RAD25
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RecA-like domain / DNA damage recognition domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #30 / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #30 / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 3'-5' translocase XPB
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fan, L. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Conserved XPB Core Structure and Motifs for DNA Unwinding: Implications for Pathway Selection of Transcription or Excision Repair.
著者: Fan, L. / Arvai, A.S. / Cooper, P.K. / Iwai, S. / Hanaoka, F. / Tainer, J.A.
履歴
登録2006年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8261
ポリマ－26,8261
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.6, 117.6, 117.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD25


分子量: 26826.393 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal half / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: RAD25 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29889
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 100 mM sodium citrate, 1.0 M LiCl., pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.98
シンクロトロンALS 5.0.220.9780, 0.9795, 0.9796
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2002年12月14日
ADSC QUANTUM 2102CCD2002年6月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.9781
30.97951
40.97961
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 10811 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 17.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 1064 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2646 549 -random
Rwork0.2434 ---
all-10732 --
obs-10478 97.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 0 39 1682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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