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万見
- PDB-2fz0: Identification of yeast R-SNARE Nyv1p as a novel longin domain protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fz0
タイトルIdentification of yeast R-SNARE Nyv1p as a novel longin domain protein
要素v-SNARE component of the vacuolar SNARE complex involved in vesicle fusion; inhibits ATP-dependent Ca(2+) transport activity of Pmc1p in the vacuolar membrane; Nyv1p
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SNARE protein / Longin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar calcium ion homeostasis / vesicle fusion to plasma membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / vacuole fusion, non-autophagic / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / fungal-type vacuole membrane / vacuolar membrane / vesicle-mediated transport ...vacuolar calcium ion homeostasis / vesicle fusion to plasma membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / vacuole fusion, non-autophagic / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / fungal-type vacuole membrane / vacuolar membrane / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain / Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain / Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain superfamily / Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain / Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Beta-Lactamase ...Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain / Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain / Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain superfamily / Vacuolar R-SNARE Nyv1, longin domain / Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar v-SNARE NYV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wen, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2006
タイトル: Identification of the Yeast R-SNARE Nyv1p as a Novel Longin Domain-containing Protein
著者: Wen, W. / Chen, L. / Wu, H. / Sun, X. / Zhang, M. / Banfield, D.K.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: v-SNARE component of the vacuolar SNARE complex involved in vesicle fusion; inhibits ATP-dependent Ca(2+) transport activity of Pmc1p in the vacuolar membrane; Nyv1p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0141
ポリマ－17,0141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 v-SNARE component of the vacuolar SNARE complex involved in vesicle fusion; inhibits ATP-dependent Ca(2+) transport activity of Pmc1p in the vacuolar membrane; Nyv1p / R-SNARE Nyv1p


分子量: 17014.383 Da / 分子数: 1 / 断片: longin domain, Residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pETH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12255

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
122HNCO, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1333D 13C-separated NOESY
1442D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM protein U-15N; 20mM phosphate buffer pH 7.0; 6mM d10- dithiothrietol (DTT); 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM protein U-15N,13C; 20mM phosphate buffer pH 7.0; 6mM d10- dithiothrietol (DTT); 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM protein U-15N,13C; 20mM phosphate buffer pH 7.0; 6mM d10- dithiothrietol (DTT); 100% D2O100% D2O
41mM protein; 20mM phosphate buffer pH 7.0; 6mM d10- dithiothrietol (DTT); 100% D2O100% D2O
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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