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- PDB-2fyw: Crystal Structure of a Conserved Protein of Unknown Function from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fyw
タイトルCrystal Structure of a Conserved Protein of Unknown Function from Streptococcus pneumoniae
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DUF34/NIF3 / Duf34/NIF3 (NGG1p interacting factor 3) / DUF34/NIF3 superfamily / NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nocek, B. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a conserved hypothetical protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4
著者: Nocek, B. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Jaochimiak, A.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S), TWO OF THEM BEING ASSOCIATED INTO DIMER. THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS UNKNOWN; HOWEVER THE CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS INDICATES THAT POLYPEPTIDES ASSOCIATE INTO A HEXAMERIC RING (A TRIMER OF DIMERS).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9553
ポリマ－90,9553
非ポリマー00
水3,549197
1
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,9106
ポリマ－181,9106
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area15600 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area64700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.481, 167.016, 122.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 265 / Label seq-ID: 3 - 267

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
31CC
12AA
22BB
32CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN, TWO OF THEM BEING ASSOCIATED INTO DIMER. THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS UNKNOWN, ALTHOUGH THE CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS INDICATES THAT DIMER IS LIKELY RELEVANT OLIGOMERIC FORM.

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 30318.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: PMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 14973101, UniProt: Q97PK0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 % PEG P400, 0.1 M Na acetate, 0.2 M Calcium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月9日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 38726 / Num. obs: 38726 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 17.107 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25901 1944 5 %RANDOM
Rwork0.19988 ---
all0.20312 38726 --
obs0.20309 36782 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2---1.61 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6331 0 0 197 6528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9518829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7535807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.65525.255314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.915151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7411528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9421.54156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54626468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3732745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7894.52361
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

数: 2048 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11Amedium positional0.280.5
12Bmedium positional0.30.5
13Cmedium positional0.350.5
21Amedium positional0.280.5
22Bmedium positional0.30.5
23Cmedium positional0.350.5
11Amedium thermal0.672
12Bmedium thermal0.632
13Cmedium thermal0.662
21Amedium thermal0.672
22Bmedium thermal0.632
23Cmedium thermal0.662
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 139 -
Rwork0.258 2667 -
obs--99.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2826 Å / Origin y: 20.4328 Å / Origin z: 77.1664 Å
111213212223313233
T0.0323 Å20.0051 Å2-0.0177 Å2--0.0009 Å20.0014 Å2--0.0047 Å2
L0.0588 °2-0.0088 °20.0637 °2-0.005 °2-0.0225 °2--0.1148 °2
S-0.0013 Å °-0.0131 Å °-0.0106 Å °0.0109 Å °-0.0016 Å °0.0159 Å °0.016 Å °-0.0184 Å °0.003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2653 - 267
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 2653 - 267
3X-RAY DIFFRACTION1CC1 - 2653 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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