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- PDB-2fyi: Crystal Structure of the Cofactor-Binding Domain of the Cbl Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fyi
タイトルCrystal Structure of the Cofactor-Binding Domain of the Cbl Transcriptional Regulator
要素HTH-type transcriptional regulator cbl
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator / LYS-R family / cofactor-binding domain / cysteine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sulfur utilization / cysteine biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator cbl, PBP2 domain / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...HTH-type transcriptional regulator cbl, PBP2 domain / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator cbl
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stec, E. / Neumann, P. / Wilkinson, A.J. / Brzozowski, A.M. / Bujacz, G.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis of the Sulphate Starvation Response in E. coli: Crystal Structure and Mutational Analysis of the Cofactor-binding Domain of the Cbl Transcriptional Regulator.
著者: Stec, E. / Witkowska-Zimny, M. / Hryniewicz, M.M. / Neumann, P. / Wilkinson, A.J. / Brzozowski, A.M. / Verma, C.S. / Zaim, J. / Wysocki, S. / D Bujacz, G.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE These cloning artifacts come from the pET-28a vector sequence, between the His-tag and the ...SEQUENCE These cloning artifacts come from the pET-28a vector sequence, between the His-tag and the native sequence of the Cbl cofactor-binding domain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator cbl
B: HTH-type transcriptional regulator cbl
C: HTH-type transcriptional regulator cbl
D: HTH-type transcriptional regulator cbl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6374
ポリマ－102,6374
非ポリマー00
水6,846380
1
A: HTH-type transcriptional regulator cbl
B: HTH-type transcriptional regulator cbl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3182
ポリマ－51,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator cbl

C: HTH-type transcriptional regulator cbl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3182
ポリマ－51,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
3
D: HTH-type transcriptional regulator cbl

D: HTH-type transcriptional regulator cbl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3182
ポリマ－51,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.686, 242.373, 101.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILETHRTHR3AA97 - 17918 - 100
21ILEILETHRTHR3BB97 - 17918 - 100
31ILEILETHRTHR3CC97 - 17918 - 100
41ILEILETHRTHR3DD97 - 17918 - 100
52THRTHRGLNGLN5AA185 - 246106 - 167
62THRTHRGLNGLN5BB185 - 246106 - 167
72THRTHRGLNGLN5CC185 - 246106 - 167
82THRTHRGLNGLN5DD185 - 246106 - 167
93ARGARGVALVAL5AA262 - 304183 - 225
103ARGARGVALVAL5BB262 - 304183 - 225
113ARGARGVALVAL5CC262 - 304183 - 225
123ARGARGVALVAL5DD262 - 304183 - 225

-
要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator cbl


分子量: 25659.154 Da / 分子数: 4 / 断片: cofactor-binding domain, residues 88-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: cbl / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus / 参照: UniProt: Q47083
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.83 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7.5
詳細: 3.8 M NaCl, 10 mM Adenosine 5'-Phosphosulphate, 0.1M Hepes, pH 7.50, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8042
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日 / 詳細: TRIANGULAR MONOCHROMATOR, BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8042 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 51701 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.639 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AL3

1al3


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 18.401 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2577 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 46596 99.7 %-
all-49173 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.98 Å20 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----0.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7125 0 0 380 7505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8031.95510061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0555917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30923.909353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.774151271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5671561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.33322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3370.55175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.3125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3010.538
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.26124585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23237353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26623072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.13332708
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A316tight positional0.080.05
2B316tight positional0.090.05
3C316tight positional0.080.05
4D316tight positional0.080.05
1A404medium positional0.340.5
2B404medium positional0.270.5
3C404medium positional0.30.5
4D404medium positional0.380.5
1A717loose positional0.575
2B717loose positional0.535
3C717loose positional0.525
4D717loose positional0.545
1A316tight thermal0.120.5
2B316tight thermal0.160.5
3C316tight thermal0.160.5
4D316tight thermal0.120.5
1A404medium thermal0.952
2B404medium thermal1.082
3C404medium thermal1.012
4D404medium thermal0.862
1A717loose thermal1.7810
2B717loose thermal2.2510
3C717loose thermal2.210
4D717loose thermal1.6410
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 191 -
Rwork0.321 3468 -
obs--96.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5359-1.9871-0.78294.39491.24911.3667-0.1799-0.2444-0.12330.25280.1273-0.25770.34080.13630.05260.04960.0636-0.0028-0.10390.0662-0.070751.44840.6125.714
23.9393-1.5702-0.9281.08870.36261.5427-0.01980.22530.01860.0536-0.0667-0.03580.1421-0.25420.0866-0.0496-0.02160.0088-0.20090.0148-0.150142.73651.0252.925
36.45240.8808-1.06760.54540.06620.4491-0.17980.43820.1707-0.12010.10280.03860.20660.15030.077-0.04340.0489-0.00930.06820.0704-0.1417-6.72665.02813.971
41.17611.45090.45776.57781.49991.18040.0902-0.0995-0.13450.5855-0.0598-0.47970.2248-0.106-0.03030.15870.0258-0.0672-0.18870.0141-0.000466.781-7.49611.088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA85 - 3076 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2BB85 - 3076 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3CC80 - 3071 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4DD85 - 3076 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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