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万見
- PDB-2fxq: Single-stranded DNA-binding protein from Thermus aquaticus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fxq
タイトルSingle-stranded DNA-binding protein from Thermus aquaticus
要素Single-strand binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / 5 strand beta-sheet extended loops
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dauter, Z. / Jedrzejczak, R. / Dauter, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the single-stranded DNA-binding protein SSB from Thermus aquaticus.
著者: Jedrzejczak, R. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Olszewski, M. / Kur, J.
履歴
登録2006年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-strand binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0691
ポリマ－30,0691
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Single-strand binding protein

A: Single-strand binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1372
ポリマ－60,1372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)51.140, 163.770, 60.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

詳細dimer formed by crystallographic 2-fold axis -x,y,1/2-z

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要素

#1: タンパク質 Single-strand binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein


分子量: 30068.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: ssb / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KH06
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: protein solution : 25mg/ml, 1M NaCl, 10mM Tris pH 7.9. well solution : 25% MPD, 20 mM CaCl2, 0.1 M acetate buffer pH 4.6 mix 1:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.039 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月7日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 22066 / Num. obs: 22066 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2165 / Rsym value: 0.832 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.922 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24731 1130 5.1 %RANDOM
Rwork0.18934 ---
all0.19207 20912 --
obs0.19207 20912 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 0 135 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9341.9592124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1095193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2693965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.60251531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7726607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.1128593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.314 97
Rwork0.257 1512
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.9379 Å / Origin y: 21.5452 Å / Origin z: 3.0116 Å
111213212223313233
T0.0881 Å20.0022 Å2-0.0127 Å2-0.0712 Å2-0.0276 Å2--0.0188 Å2
L2.042 °20.3526 °20.0686 °2-1.3067 °20.0757 °2--0.3879 °2
S-0.0557 Å °0.1279 Å °-0.0628 Å °-0.2035 Å °-0.0094 Å °0.1045 Å °-0.0045 Å °0.0613 Å °0.0652 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 374 - 37
2X-RAY DIFFRACTION1AA51 - 8251 - 82
3X-RAY DIFFRACTION1AA97 - 10897 - 108
4X-RAY DIFFRACTION1AA127 - 160127 - 160
5X-RAY DIFFRACTION1AA171 - 203171 - 203
6X-RAY DIFFRACTION1AA217 - 224217 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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