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- PDB-2fwv: Crystal Structure of Rv0813 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fwv
タイトルCrystal Structure of Rv0813
要素hypothetical protein MtubF_01000852
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical / restricted to actinomycetes / fatty acid binding protein like / Structural Proteomics in Europe / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrobindin, bacteria/plant / THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein MT0834 / UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein Rv0813c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD with data collected on Se-Met crystal at 0.97895 A. / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shepard, W. / Haouz, A. / Grana, M. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Cole, S.T. / Alzari, P.M. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of Rv0813c from Mycobacterium tuberculosis Reveals a New Family of Fatty Acid-Binding Protein-Like Proteins in Bacteria
著者: Shepard, W. / Haouz, A. / Grana, M. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Cole, S.T. / Alzari, P.M.
履歴
登録2006年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32013年6月26日Group: Derived calculations
改定 1.42017年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3706
ポリマ－23,9251
非ポリマー4455
水5,639313
1
A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子

A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,74012
ポリマ－47,8512
非ポリマー88910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area6340 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子

A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子

A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子

A: hypothetical protein MtubF_01000852
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,47924
ポリマ－95,7014
非ポリマー1,77820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation15_645y+1,x-1,-z1
Buried area17250 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.836, 65.836, 239.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-663-

HOH

21A-699-

HOH

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein MtubF_01000852 / rv0813c


分子量: 23925.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: rv0813c / プラスミド: pDEST17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O53827, UniProt: P9WFG9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7154.66
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981ハンギングドロップ法7.5NH4(2)SO4, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K
2982ハンギングドロップ法7.5NaCl, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.97895
シンクロトロンESRF ID2920.97895
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2003年6月26日
ADSC QUANTUM 2102CCD2002年11月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SILICON 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SILICON 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 12.8 / 数: 52245 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / D res high: 2.7 Å / D res low: 46.611 Å / Num. obs: 7723 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.5446.6129498.80.0320.0325.4
6.048.5447899.80.0320.0326.3
4.936.0459499.90.0330.0336.6
4.274.9369899.90.030.036.8
3.824.2777799.90.040.046.8
3.493.828381000.0490.0496.9
3.233.499291000.070.077
3.023.239711000.0940.0947
2.853.0210511000.1390.1396.9
2.72.8510931000.1970.1976.7
反射解像度: 1.7→50.833 Å / Num. all: 29663 / Num. obs: 29663 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 4255 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se31.9360.3020.050.0210.276
2Se40.1230.6990.1340.0490.315
Phasing dmFOM : 0.54 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.49 / 反射: 7688 / Reflection acentric: 6173 / Reflection centric: 1515
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-19.9840.780.850.68357205152
4.8-7.70.740.80.581067777290
3.9-4.80.760.780.6712951021274
3.4-3.90.660.680.5513001069231
2.9-3.40.430.450.3422651907358
2.7-2.90.170.180.1414041194210

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: SAD with data collected on Se-Met crystal at 0.97895 A.
解像度: 1.7→43.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.783 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1503 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 29635 --
obs0.183 29635 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1461 0 30 313 1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9722107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5895190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.72221.97476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24915239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.691520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1371.5961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81621497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6033683
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9844.5610
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 102 -
Rwork0.231 2042 -
obs-2144 100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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